Nghị quyết ghi rõ một số nội dung chủ yếu của Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án đầu tư xây dựng Cảng hàng không quốc tế Long Thành giai đoạn 1 (Dự án); theo đó đầu tư xây dựng 1 đường cất hạ cánh và 1 nhà ga hành khách cùng các hạng mục phụ trợ đồng bộ với công suất 25 triệu hành khách/năm, 1,2 triệu tấn hàng hóa/năm.
Nghị quyết giao Chính phủ xem xét, quyết định tổng mức đầu tư của Dự án theo quy định của pháp luật về đầu tư công, xây dựng, quản lý, sử dụng tài sản công và pháp luật có liên quan, bao gồm chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng, bảo đảm tổng mức đầu tư toàn bộ Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành không vượt tổng mức đầu tư theo Nghị quyết số 94/2015/QH13 ngày 25/6/2015 của Quốc hội về chủ trương đầu tư Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành (Nghị quyết số 94/2015/QH13).
Nghị quyết nêu rõ: Chính phủ lựa chọn nhà đầu tư theo quy định của pháp luật, bảo đảm quốc phòng, an ninh và lợi ích của Nhà nước, lợi ích của Quốc gia; bảo đảm sự quản lý của Nhà nước theo quy định của pháp luật về hàng không dân dụng và sử dụng cho mục đích quân sự.
Quốc hội cũng quyết nghị điều chỉnh diện tích đất cho quốc phòng từ 1.050 héc-ta thành 570 héc-ta dành riêng cho quốc phòng và 480 héc-ta cho xây dựng kết cấu hạ tầng hàng không dùng chung quân sự và dân dụng. Việc quản lý, sử dụng phần diện tích dùng chung thực hiện theo quy định của pháp luật về đất đai và pháp luật về hàng không dân dụng; ưu tiên cho hoạt động quân sự khi thực hiện nhiệm vụ quốc phòng...
Nghị quyết giao Chính phủ chỉ đạo Hội đồng thẩm định nhà nước, Bộ Giao thông vận tải, các bộ, ngành liên quan và Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai khẩn trương xem xét, hoàn thiện hồ sơ báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án, bảo đảm chất lượng, tiến độ trình Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư. Đồng thời, hoàn thành công tác thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư để bàn giao mặt bằng kịp tiến độ thi công Dự án, bảo đảm hoàn thành và đưa vào khai thác Dự án theo đúng yêu cầu của Nghị quyết số 94/2015/QH13....
Trước đó, trong quá trình thảo luận, có ý kiến băn khoăn về tính chính xác của tổng mức đầu tư giai đoạn 1 của Dự án vì nhiều hạng mục mới dừng ở mức tính toán sơ bộ, do vậy đề nghị không nên đưa số liệu cụ thể của tổng mức đầu tư vào Nghị quyết của Quốc hội. Có ý kiến đề nghị tổng mức đầu tư phải bao gồm cả chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng theo quy định của Luật Xây dựng...
Thay mặt Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế của Quốc hội Vũ Hồng Thanh nêu rõ: Theo Tờ trình của Chính phủ, tổng mức đầu tư giai đoạn 1 của Dự án là 4,779 tỷ USD (không bao gồm chi phí giải phóng mặt bằng theo Nghị quyết 53). Đối chiếu với mức đầu tư giai đoạn 1 theo Nghị quyết 94 thì chi phí đầu tư xây dựng giai đoạn 1 chưa vượt mức đầu tư cho phần xây lắp, nhưng nếu tính cả chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo Nghị quyết 53 thì đã vượt. Tuy nhiên, tổng mức đầu tư theo Nghị quyết 94 chỉ là mức khái toán dựa trên Báo cáo tiền khả thi được xác định sơ bộ, chưa dựa trên tính toán của thiết kế cơ sở và giá thực tế tại thời điểm xác định của Báo cáo nghiên cứu khả thi. Ngoài ra, theo báo cáo nghiên cứu khả thi, Dự án đầu tư xây dựng Cảng hàng không quốc tế Long Thành giai đoạn 1 phải đầu tư một số hạng mục sử dụng chung cho các giai đoạn.
Theo quy định của Luật Xây dựng (Điều 134), tổng mức đầu tư dự án bao gồm cả chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư. Do đó, tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xin chỉnh lý theo hướng không ghi cụ thể số liệu tổng mức đầu tư trong dự thảo Nghị quyết mà giao Chính phủ xem xét, quyết định tổng mức đầu tư giai đoạn 1 của Dự án (bao gồm cả chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng) nhưng phải bảo đảm tổng mức đầu tư toàn Dự án cả 3 giai đoạn không vượt quá tổng mức đầu tư quy định tại Khoản 3 Điều 2 Nghị quyết 94.
Ngoài ra, trong quá trình thảo luận, có ý kiến đề nghị làm rõ thẩm quyền của Quốc hội và Chính phủ trong việc lựa chọn nhà đầu tư Dự án; có ý kiến đề nghị giao doanh nghiệp nhà nước có năng lực, uy tín, kinh nghiệm là nhà đầu tư do yêu cầu bảo đảm an ninh, quốc phòng, lợi ích quốc gia và đặc thù của công trình cảng hàng không quốc tế; có ý kiến đề nghị đấu thầu để lựa chọn nhà đầu tư. Có ý kiến đề nghị không quy định nguyên tắc “Sử dụng vốn của nhà đầu tư; không sử dụng bảo lãnh Chính phủ; không làm tác động đến nợ công” trong dự thảo Nghị quyết. Có ý kiến cho rằng Quốc hội nên xem xét đưa ra một số tiêu chí mang tính định hướng như quốc phòng, an ninh, tính đồng bộ trong khai thác, lợi ích quốc gia và năng lực nhà đầu tư để Chính phủ thực hiện.
Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế của Quốc hội Vũ Hồng Thanh nhấn mạnh, Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành là công trình quan trọng quốc gia, liên quan mật thiết đến lợi ích quốc gia, quốc phòng, an ninh nên việc lựa chọn nhà đầu tư cần hết sức thận trọng, chặt chẽ, bảo đảm cơ sở pháp lý. Luật Đấu thầu đã quy định rõ các hình thức lựa chọn nhà đầu tư, việc lựa chọn nhà đầu tư thuộc thẩm quyền của Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ.
Bên cạnh đó, với đặc thù là dự án quan trọng quốc gia có quy mô lớn, phức tạp, phải bảo đảm phát triển kinh tế, xã hội đồng thời với bảo đảm quốc phòng, an ninh, lợi ích quốc gia. Do đó, dự thảo Nghị quyết quy định các nguyên tắc về quốc phòng, an ninh, lợi ích của Nhà nước, lợi ích của quốc gia, bảo đảm sự quản lý của Nhà nước về hàng không dân dụng, sử dụng vốn của nhà đầu tư, không sử dụng bảo lãnh Chính phủ làm tác động đến an toàn nợ công, bảo đảm tiến độ Quốc hội đã đề ra. Trên cơ sở đó, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, lựa chọn nhà đầu tư có năng lực tài chính, có kinh nghiệm quản lý, vận hành cảng hàng không thực hiện Dự án.