Quy chế quy định về nguyên tắc tổ chức và hoạt động, chế độ làm việc và mối quan hệ công tác, trách nhiệm của thành viên, nhiệm vụ của cơ quan thường trực, chế độ thông tin, báo cáo của Ban Chỉ đạo quốc gia về kinh tế tập thể (Ban Chỉ đạo) được kiện toàn theo Quyết định số 1242/QĐ-TTg ngày 25/10/2023 của Thủ tướng Chính phủ về kiện toàn Ban Chỉ đạo đổi mới, phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã.
Ban Chỉ đạo được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ; tập thể thảo luận, Trưởng Ban Chỉ đạo kết luận và chỉ đạo thực hiện; bảo đảm yêu cầu phối hợp chặt chẽ, hiệu quả, thống nhất trong chỉ đạo, điều hành; đồng thời thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Quyết định số 1242/QĐ-TTg ngày 25/10/2023 của Thủ tướng Chính phủ và quy định của pháp luật liên quan.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ đề cao trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu; các thành viên Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Ban Chỉ đạo làm việc thông qua các cuộc họp định kỳ 6 tháng, hằng năm hoặc đột xuất theo triệu tập của Trưởng Ban Chỉ đạo; trường hợp không tổ chức được cuộc họp, cơ quan Thường trực của Ban Chỉ đạo lấy ý kiến các thành viên Ban Chỉ đạo bằng văn bản và báo cáo, xin ý kiến quyết định của Trưởng Ban Chỉ đạo.
Các thành viên Ban Chỉ đạo tham gia các hoạt động chung của Ban Chỉ đạo và thực hiện nhiệm vụ do Trưởng Ban Chỉ đạo phân công; phối hợp chặt chẽ, kịp thời thông tin giữa các Ủy viên Ban Chỉ đạo, cơ quan Thường trực của Ban Chỉ đạo, các bộ, ngành, cơ quan, địa phương liên quan trong thực hiện các nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo.
Theo Quyết định, Bộ Kế hoạch và Đầu tư - cơ quan Thường trực của Ban Chỉ đạo, có nhiệm vụ làm đầu mối giúp Ban Chỉ đạo trong việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo; giúp Trưởng Ban Chỉ đạo điều hành, điều phối hoạt động chung của Ban Chỉ đạo; theo dõi, đôn đốc các Ủy viên Ban Chỉ đạo trong việc thực hiện nhiệm vụ được phân công; chủ trì hướng dẫn xây dựng và tổng hợp, trình Trưởng Ban Chỉ đạo về kế hoạch hoạt động hằng năm của Ban Chỉ đạo; tham mưu, đề xuất Trưởng Ban Chỉ đạo chủ trì các cuộc họp, làm việc của Ban Chỉ đạo; đề xuất thời gian, địa điểm, thành phần tham gia; chuẩn bị nội dung, báo cáo, tài liệu, chương trình, kịch bản, dự thảo nội dung phát biểu khai mạc và kết luận của Trưởng Ban Chỉ đạo, công tác hậu cần phục vụ các cuộc họp, làm việc của Ban Chỉ đạo.
Bên cạnh đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo dõi, tham mưu Trưởng Ban Chỉ đạo báo cáo Thủ tướng Chính phủ để chỉ đạo, đôn đốc các bộ, ngành, cơ quan trung ương và địa phương trong việc thực hiện các nhiệm vụ, giải pháp liên quan về phát triển kinh tế tập thể; tổng hợp, xây dựng các báo cáo định kỳ, đột xuất và các báo cáo phục vụ công tác của Ban Chỉ đạo; thực hiện các nhiệm vụ khác được Trưởng Ban Chỉ đạo giao.