Ông Đoàn Duy Hoạch cho hay, ngay sau khi xảy ra sự việc, lãnh đạo Tổng công ty Đường sắt Việt Nam và Ban An ninh - An toàn giao thông (Tổng công ty Đường sắt Việt Nam) đã trực tiếp vào ga Nha Trang ngay sau khi vụ việc xảy ra để thu thập chứng cứ và xác định nguyên nhân, trách nhiệm của các cá nhân, tập thể liên quan.
Theo đó, trách nhiệm chính vụ sự cố này thuộc về Ban chạy tàu ga Nha Trang trực ngày 9/7/2018. Trong đó, trực ban chạy tàu ga Nha Trang là Nguyễn Huy Sơn lơ là trong kiểm soát tín hiệu, gây nhầm lẫn khi đón tàu khách.
Ông Đoàn Duy Hoạch cũng cho biết, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam trên cơ sở báo cáo của Chi nhánh Khai thác đường sắt Phú Khánh và căn cứ vào nội quy lao động của Tổng công ty đã ban hành để thành lập hội đồng xử lý kỷ luật để xem xét trách nhiệm cá nhân, tập thể.
Theo Báo cáo của Chi nhánh Khai thác đường sắt Phú Khánh, Hội đồng kỷ luật Chi nhánh đã họp, xem xét, phân tích và làm rõ trách nhiệm của các cá nhân liên quan. Đơn vị đã báo cáo, đề nghị VNR các hình thức xử lý kỷ luật đối với các cá nhân.
Cụ thể, đề nghị cách chức Trưởng ga Nha Trang đối với ông Trần Hữu Quang; sa thải trực ban chạy tàu ga đối với ông Nguyễn Huy Sơn; kéo dài thời hạn nâng lương đối với Phó ga Nha Trang; Trưởng phòng kỹ thuật, Giám đốc và Phó giám đốc Chi nhánh Khai thác đường sắt Phú Khánh cũng tự nhận hình thức khiển trách.
Trước đó, theo kế hoạch, tàu SE26 chạy từ ga Cây Cầy lúc 2 giờ 45 phút ngày 9/7/2018 và đến ga Nha Trang khoảng 3 giờ cùng ngày, có dừng đỗ đón trả khách trên đường số 2. Tuy nhiên, lúc tàu SE26 đang vào ga Nha Trang thì phát hiện ghi 113 đang để thông vào đường số III, trong khi đường số III lúc đó đang có đoàn tàu hàng SH3 chiếm dụng. Gác ghi và ban lái tàu SE26 đã phát hiện và kịp thời xử lý, dừng tàu tại ghi 113. Vụ việc không gây thiệt hại về người và tài sản, không làm ảnh hưởng đến Biểu đồ chạy tàu.