Tổng Thư ký Quốc hội cho biết thời điểm xảy ra sự cố môi trường tại 4 tỉnh miền Trung, tháng 4/2016, cả nước đang chuẩn bị cho cuộc bầu cử đại biểu Quốc hội khóa XIV. Ông Võ Kim Cự khi đó được Mặt trận Tổ quốc Việt Nam giới thiệu ứng cử với tư cách là đại diện của Liên minh Hợp tác xã Việt Nam.
Trong cuộc bầu cử ngày 22/5/2016, ông Võ Kim Cự được cử tri thị xã Hồng Lĩnh, huyện Vũ Quang, huyện Hương Sơn và huyện Đức Thọ, tỉnh Hà Tĩnh, bầu làm đại biểu Quốc hội khóa XIV với tỷ lệ phiếu bầu là 75% tổng số phiếu hợp lệ. Sau sự cố Formosa xả thải gây ô nhiễm môi trường tại 4 tỉnh miền Trung, ngay kỳ họp đầu tiên của nhiệm kỳ khóa XIV, cũng đã có nhiều ý kiến đề nghị Quốc hội cần xem xét tư cách đại biểu Quốc hội của ông Võ Kim Cự.
Lúc đó, trả lời báo chí, Tổng Thư ký Quốc hội đã nêu rõ quan điểm là phải chờ kết luận chính thức của Ủy ban Kiểm tra Trung ương và Ban Bí thư Trung ương Đảng về sai phạm của ông Võ Kim Cự, cụ thể sai phạm như thế nào, mức độ đến đâu thì Ủy ban Thường vụ Quốc hội mới có thể báo cáo Quốc hội xem xét tư cách đại biểu Quốc hội của ông Võ Kim Cự.
Ngày 21/4, Ban Bí thư Trung ương Đảng đã công bố kết luận kỷ luật Ban cán sự đảng Bộ Tài nguyên và Môi trường và một số cán bộ có vi phạm nghiêm trọng trong vụ việc Formosa xả thải gây ra sự cố về môi trường tại 4 tỉnh miền Trung. Căn cứ theo mức độ vi phạm, Ban Bí thư đã đưa ra quyết định kỷ luật nghiêm khắc.
Theo đó, ông Võ Kim Cự bị cách chức Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy nhiệm kỳ 2005 - 2010 và nhiệm kỳ 2010 - 2015 (bao gồm cách chức cả các chức vụ: Bí thư Ban cán sự đảng UBND tỉnh, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Bí thư Tỉnh ủy Hà Tĩnh theo quy định).
Kết luận của Ban Bí thư cũng nêu rõ, ông Võ Kim Cự đã trực tiếp ký nhiều văn bản không đúng quy định trong việc cấp giấy chứng nhận đầu tư; giao và cho thuê mặt nước biển; đồng ý chủ trương cho Công ty Formosa tự giải phóng mặt bằng để xây dựng đường ống xả nước thải không đúng quy định...; thiếu trách nhiệm chỉ đạo, thanh tra, giám sát quá trình triển khai thực hiện Dự án.
Tổng Thư ký Nguyễn Hạnh Phúc cho biết, như vậy khuyết điểm của ông Võ Kim Cự là nghiêm trọng, không còn đủ uy tín để làm đại biểu Quốc hội nữa. Ủy ban Thường vụ Quốc hội có cơ sở để báo cáo Quốc hội xem xét tư cách đại biểu Quốc hội khóa XIV đối với ông Võ Kim Cự.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội sẽ báo cáo Quốc hội theo đúng quy định pháp luật hiện hành. Quyết định cuối cùng về hình thức xử lý đối với ông Võ Kim Cự sẽ do Quốc hội quyết định tại Kỳ họp thứ 3 sắp tới. Tổng Thư ký nêu quan điểm cá nhân: Khi một cá nhân nào đó không còn xứng đáng với sự tín nhiệm của nhân dân thì không thể làm đại biểu Quốc hội được nữa.