Theo kết luận thanh tra, những năm qua, Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) đã thực hiện đầu tư cơ sở hạ tầng cảng hàng không, từng bước làm cho nhà ga, sân đỗ, đường cất hạ cánh... đáp ứng tốt hơn nhu cầu phát triển của ngành vận tải hàng không Việt Nam.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện quản lý, sử dụng vốn, tài sản, cổ phần hóa, thoái vốn ở ACV và các đơn vị thành viên; công tác quản lý nhà nước ở một số cơ quan liên quan còn những tồn tại, khuyết điểm, vi phạm.
Trong giai đoạn từ năm 2012 - 2015, ACV đã sử dụng nguồn vốn trích trước sửa chữa lớn để đầu tư xây mới dự án đường lăn E6 Cảng hàng không quốc tế Đà Nẵng với giá trị trên 297 tỷ đồng. Do ACV sử dụng sai nguồn vốn để đầu tư nên phần chi phí nêu trên không được tính là chi phí hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Vì vậy đơn vị này phải nộp bổ sung thuế thu nhập doanh nghiệp với số tiền trên 62 tỷ đồng. Đến 31/3/2016, ACV mới ghi tăng tài sản dự án đường lăn E6 với trị giá là trên 297 tỷ đồng. Vì vậy, giá trị các tài sản của nhà nước được loại ra khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa không đúng; trách nhiệm thuộc về ACV.
Theo Kết luận thanh tra, đến thời điểm ACV chuyển sang hoạt động theo hình thức công ty cổ phần, Cảng vụ hàng không chưa hoàn thành thủ tục giao hơn 2.888 ha đất; chưa ký hợp đồng thuê đất trả tiền hàng năm với diện tích trên 197 ha đất, dẫn đến đơn vị này thiếu cơ sở để nộp tiền thuê đất vào ngân sách nhà nước với số tiền trên 330 tỷ đồng.
Nguyên nhân chính của việc này là do Cảng vụ hàng không thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, chưa chủ động phối hợp với chính quyền địa phương để xác định ranh giới, tổ chức cắm và bảo vệ mốc giới; còn 11 Cảng hàng không chưa được chính quyền địa phương cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với 7.225 ha; chưa làm thủ tục để giao, cho thuê đất đối với ACV với diện tích gần 3.100 ha; không thực hiện nghiệm thu, đôn đốc thu tiền thuê đất của ACV.
Thanh tra Chính phủ cho rằng, Cục Hàng không Việt Nam thiếu trách nhiệm kiểm tra, giám sát Cảng vụ hàng không trong việc thực hiện nhiệm vụ quản lý đất đai tại các cảng hàng không, sân bay…
ACV và một số chi nhánh cảng hàng không cũng bị phát hiện cho thuê lại đất, góp vốn bằng quyền sử dụng đất sai mục đích, không đúng quy định của Nhà nước cho thuê đất với tổng diện tích gần 3.000 ha đất. Từ năm 2007 đến năm 2015, ACV chưa thực hiện nộp tiền thuê đất theo quy định vào ngân sách nhà nước trên 326 tỷ đồng. Cảng hàng không Quốc tế Nội Bài kê khai không đúng trên 64.200m2 từ đất phải thu tiền sử dụng đất sang loại đất giao không thu tiền sử dụng đất làm giảm thu ngân sách nhà nước số tiền gần 18 tỷ đồng.
Về cổ phần hóa, thoái vốn, kết luận thanh tra chỉ rõ, từ ngày 1/7/2014 đến 31/12/2015, khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, ACV đã loại giá trị các tài sản khu bay do không còn quyền sở hữu nhưng sau khi cổ phần hóa, ACV vẫn tiếp tục sử dụng, khai thác, theo dõi, hạch toán và trích khấu hao các tài sản này vào chi phí sản xuất kinh doanh với tổng số tiền hơn 903 tỷ đồng. Cơ quan thanh tra kết luận điều này là không đúng quy định, theo đó, cần phải loại khoản chi phí này truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp trên 692 tỷ đồng...
Thanh tra Chính phủ cho rằng, công tác quyết toán cổ phần hóa tại ACV chậm, chưa hoàn thành quyết toán cổ phần hóa, nên tồn tại về tài chính chưa được xử lý kịp thời. Việc đàm phán với cổ đông chiến lược đến thời điểm thanh tra chưa thành công, vì vậy mục tiêu nhà nước thoái vốn chưa đạt được.
Theo Kết luận thanh tra, tổng số tiền và tài sản vi phạm được phát hiện qua thanh tra cần kiến nghị xử lý là hơn 3.600 tỷ đồng và trên 7,2 ha đất. Sau khi kết thúc thanh tra trực tiếp đến nay, theo báo cáo, ACV đã thực hiện xử lý các vi phạm về tài chính với tổng số tiền hơn 1.158 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải và ACV chỉ đạo xử lý trách nhiệm các cá nhân, tập thể và tổ chức có liên quan đến sai phạm trong việc quản lý, sử dụng vốn, tài sản, cổ phần hóa, đầu tư xây dựng ở ACV như kết luận đã nêu.