Sau khi lắng nghe các ý kiến, kết luận cuộc họp, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ghi nhận nỗ lực, đóng góp của Bộ Giao thông Vận tải phục vụ sự phát triển đất nước. Tuy nhiên, Thủ tướng cho rằng, bên cạnh thành quả đạt được, vẫn còn nhiều dự án tồn tại, bất cập, cần sớm có hướng xử lý.
Thủ tướng nhấn mạnh tinh thần: Bảo đảm hoạt động bình thường, an toàn hệ thống giao thông vận tải các loại hình"; không để ảnh hưởng đến sự phát triển của đất nước. Ngành giao thông vận tải, các đơn vị trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải phải tổ chức công việc theo đúng chức năng, nhiệm vụ mà pháp luật quy định. Đơn vị nào không hoàn thành cần xử lý nghiêm, Thủ tướng chỉ đạo.
Thủ tướng yêu cầu ngành giao thông vận tải phải chủ động hơn nữa, tập trung hơn nữa trong việc giải quyết các thủ tục, vướng mắc; tập trung chỉ đạo hoàn thành tốt các dự án, chương trình, nhất là hệ thống đường bộ cao tốc, sân bay và các lĩnh vực khác.
Cho rằng có sự trì trệ trong xử lý một số lĩnh vực, Thủ tướng nêu rõ, Bộ Giao thông Vận tải cần phân công trách nhiệm rõ ràng hơn, giao công việc có thời hạn rõ hơn, tìm ra nguyên nhân chậm trễ để khắc phục, trên tinh thần "tiến công, làm hết sức mình, làm đúng pháp luật, nếu vướng mắc thì phối hợp xử lý, giải quyết đến nơi, đến chốn". Cần phân biệt việc gì Nhà nước làm, việc gì xã hội hóa để phát huy nguồn lực tổng hợp phát triển ngành giao thông vận tải, Thủ tướng cũng lưu ý huy động vốn tư nhân trong một số lĩnh vực.
Cho ý kiến đối với các kiến nghị của Bộ Giao thông Vận tải đối với một số dự án, Thủ tướng yêu cầu bảo đảm đúng tiến độ với dự án cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận. Về vấn đề khai thác bay các cảng hàng không, Thủ tướng nhấn mạnh yêu cầu bảo đảm hoạt động bình thường, an toàn ở tất cả các sân bay; chủ động khắc phục những bất cập hiện nay ở các sân bay lớn; bảo đảm hoạt động bình thường của hai sân bay lớn là Tân Sơn Nhất và Nội Bài, không để xảy ra vấn đề ảnh hưởng đến an toàn bay.
Về vấn đề quá tải tại sân bay Tân Sơn Nhất, Thủ tướng nêu rõ phải thường xuyên chỉ đạo xử lý. Bộ Giao thông vận tải cần công khai minh bạch các dự án đầu tư trong hạ tầng hàng không, dự án Nhà nước làm, dự án nào xã hội hóa để có kế hoạch triển khai và huy động nguồn lực hiệu quả hơn.
Về vướng mắc trong triển khai dự án đường sắt đô thị tại Hà Nội do Bộ Giao thông Vận tải quản lý, Thủ tướng yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải thúc đẩy giải quyết, chủ trì xử lý những vấn đề đặt ra, nhấn mạnh tinh thần thúc đẩy sớm đưa tuyến đường sắt Cát Linh - Hà Đông vào hoạt động.
Các tuyến đường sắt đô thị còn lại ở cả Hà Nội và TP Hồ Chí Minh, Bộ Giao thông Vận tải rà soát lại, chủ trì giải quyết vấn đề về tiến độ, kịp thời báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về hệ thống các tuyến đường sắt này.
Về vướng mắc trong triển khai hệ thống thu phí không dừng, Thủ tướng nhấn mạnh việc thực hiện nghiêm quy định là chậm nhất đến ngày 31/12/2019, các trạm BOT phải triển khai thu phí không dừng.