Bởi Giáo sư Phan Huy Lê.đã có những cống hiến to lớn trong việc xúc tiến giao lưu học thuật Nhật - Việt, đào tạo chuyên gia nghiên cứu Nhật Bản, cũng như giới thiệu cho người dân hai nước về Phong trào Đông du. Những việc này đã góp phần tăng cường sự hiểu biết lẫn nhau giữa nhân dân hai nước Việt Nam - Nhật Bản.
Phát biểu tại buổi lễ, Đại sứ Umeda Kunio đánh giá, Giáo sư Phan Huy Lê không chỉ là nhà sử học hàng đầu Việt Nam, mà còn là học giả hiểu biết uyên thâm về quan hệ Nhật - Việt, có nhiều đóng góp to lớn cho sự phát triển quan hệ hữu nghị, tin cậy lẫn nhau giữa Nhật Bản và Việt Nam.
Những đóng góp của Giáo sư trải rộng trên nhiều lĩnh vực, trong đó phải kể đến vai trò cầu nối hữu nghị của Giáo sư Phan Huy Lê khi đảm nhiệm chức Phó Chủ tịch Hội hữu nghị Việt - Nhật năm 1987. Giáo sư đã tham gia rất nhiều sự kiện giao lưu văn hóa, trong đó có hoạt động nghiên cứu học thuật của hai nước. Giáo sư là người có công lao to lớn trong việc làm sáng tỏ quan hệ gắn bó mang tính lịch sử giữa Hội An và Nhật Bản từ khoảng thế kỷ XVI, góp phần xây dựng nền móng cho quan hệ giao lưu hữu nghị hiện nay của hai nước.
Trên cương vị Chủ tịch Hội Khoa học lịch sử Việt Nam, Giáo sư Phan Huy Lê đã có nhiều cống hiến cho công tác giao lưu học thuật giữa Nhật Bản và Việt Nam, cũng như đào tạo chuyên gia nghiên cứu về Nhật Bản của Việt Nam. Giáo sư đã chỉ đạo thành công Hội thảo Việt - Nhật nhân dịp kỷ niệm 100 năm phong trào Đông du năm 2005, hoạt động kỷ niệm 70 năm ngày mất của Chí sĩ yêu nước Phan Bội Châu và 100 năm ngày mất bác sỹ Asaba Sakitaro vào năm 2010. Nhờ có những sự kiện trên mà người dân hai nước biết đến Phong trào Đông du cũng như tình cảm thủy chung giữa Chí sĩ Phan Bội Châu và bác sĩ Asaba Sakitaro. Điều này cũng được ghi nhận như một trong những thành tựu quan trọng trong lịch sử bang giao giữa hai nước.
Năm 1995, sau khi được cử giữ chức Chủ nhiệm Khoa Đông Phương học, Trường Đại học Khoa học, Xã hội và Nhân văn (Đại học Quốc gia Hà Nội), Giáo sư Phan Huy Lê đặc biệt quan tâm tới việc phát triển chuyên ngành Nhật Bản học. Giáo sư đã có đóng góp to lớn cho công tác đào tạo cán bộ nghiên cứu về Nhật Bản và sự phát triển của ngành Nhật Bản học chất lượng cao tại Việt Nam.
Chia sẻ câu chuyện của chính mình, Đại sứ Umeda Kunio cho biết, trong hai năm kể từ khi sang Việt Nam nhậm chức, Đại sứ đã có cơ hội được gặp Giáo sư Phan Huy Lê hai lần, vào tháng 5/2017 và tháng 1/2018. Đại sứ đã được nghe Giáo sư trao đổi nhiều thông tin bổ ích về tình hình Việt Nam, quan hệ Việt - Nhật... Những nội dung đó Đại sứ thường chia sẻ lại cho các cán bộ mới được cử sang công tác tại Việt Nam. “Tôi vẫn còn rất nhiều điều muốn được thỉnh giáo Giáo sư, vì lẽ đó tôi vô cùng thương tiếc trước sự ra đi của Giáo sư”, Đại sứ Umeda Kunio nói.
Thay mặt gia đình, bà Hoàng Như Lan, vợ Giáo sư Phan Huy Lê bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Chính phủ Nhật Bản, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Nhật Bản đã ghi nhận những đóng góp của Giáo sư dành cho quan hệ hữu nghị Việt Nam - Nhật Bản.
Theo bà Hoàng Như Lan, Giáo sư Phan Huy Lê từ rất sớm đã ý thức được tầm quan trọng của tính đa dạng văn hóa, vấn đề hợp tác quốc tế trong học thuật. Đối với việc thúc đẩy giao lưu quốc tế trong lĩnh vực học thuật tại Việt Nam, Giáo sư luôn đánh giá cao vai trò hợp tác với Nhật Bản. Bà xúc động chia sẻ: “Từ giữa những năm 80, ông đã xây dựng quan hệ hợp tác học thuật với các giáo sư hàng đầu Nhật Bản... Trong suốt 40 năm qua, với tư cách là một học giả, chồng tôi đã nỗ lực góp phần làm sâu sắc hơn sự hiểu biết lẫn nhau giữa hai nước. Tôi hy vọng mạng lưới hợp tác học thuật giữa hai nước mà chồng tôi đã dày sức xây dựng sẽ tiếp tục phát triển mạnh mẽ”.