Lịch sử vườn bắt đầu từ năm 1894, khi theo lệnh của Sa hoàng Alexander III, Trạm Thí nghiệm Làm vườn và Nông nghiệp Sochi ra đời. Hoạt động của vườn gắn liền với việc nghiên cứu, phát triển, và nhân giống các loại cây ăn quả miền Nam, cây cận nhiệt đới cũng như hoa nhằm chọn ra những loài và giống tốt nhất để đưa vào canh tác ở các vườn và trang trại trong vùng. Trên diện tích 1,96 ha, người ta trồng nhiều loại cây có múi, ổi dứa, quả phỉ, sung ngọt, mận, lê … và thậm chí ở lối vào khu vườn còn trồng một rặng tre tuyệt đẹp.
Trên một thân cây 45 loại quả khác nhau cùng đơm hoa kết trái.
Năm 1933, nhà nghiên cứu Fyodor Mikhailovich Zorin bắt đầu làm việc tại Trạm Thí nghiệm để phát triển các giống quýt chịu được sương giá và các giống mận, sung ngọt và quả phỉ cho năng suất cao. Trước đó ông Zorin từng là học trò của nhà sinh vật học - nhà lai tạo nổi tiếng người Nga Ivan Michurin.
Để tăng khả năng chịu giá rét cho các loại cây có múi ưa nhiệt, ông Zorin đã sử dụng loại cam ba lá (poncirus trifoliata) làm cây mẹ trong lai tạo. Năm 1934, ông Zorin đã triển khai một thử nghiệm mới khi ghép nhiều cây có múi khác nhau như cam Tây Ban Nha, quýt Nhật Bản, bưởi Mỹ, chanh Italy, kim quất Trung Quốc, quýt clementine, cam đắng bigarade … trên cây mẹ poncirus. Những quả chín đầu tiên khác nhau về hình dạng, kích thước, màu sắc và mùi vị. Cây không chỉ là công cụ hỗ trợ trực quan hữu hiệu mà còn thể hiện sự đa dạng. Theo thời gian, 45 loài và giống cây có múi đã được ghép và phát triển trên cây mẹ này.
Đến năm 1940, Viện sĩ, nhà thám hiểm Bắc Cực nổi tiếng Otto Yulievich Schmidt đã thực hiện lần ghép lưu niệm đầu tiên trên cây kỳ diệu này và tiếp sau ông là hàng nghìn người nổi tiếng đại diện cho 173 quốc gia trên thế giới đã ghép cành vào cây mẹ. Tác giả của hơn 600 cành ghép như vậy là nguyên thủ quốc gia, nhà khoa học, nghệ sĩ, phi hành gia, các nhân vật chính trị và công chúng nổi tiếng, đại diện của các quốc gia và tôn giáo khác nhau.
Hàng trăm người nổi tiếng đại diện cho 173 quốc gia trên thế giới đã ghép cành vào cây mẹ.
Đây là những người hiểu rõ lịch sử cũng như ý nghĩa cao cả của "Cây Hữu nghị", đã mãi mãi để lại trên tán cây ký ức về bản thân, đất nước và con người của họ. Những tấm biển nhỏ hình bầu dục với dòng chữ ghi tên những người này được treo trên cành cây. Trong số đó ta có thể thấy tên của các nhà du hành vũ trụ Yu. Gagarin, G. Titov, V. Komarov, vợ chồng Nikolaev, ca sĩ người Mỹ Paul Robeson, nghệ sĩ piano xuất sắc người Mỹ Van Cliburn, các chính khách và nhân vật chính trị nổi tiếng của Ấn Độ, Bulgaria, Anh, Ba Lan, Cuba và các nước khác. Một trong những vị khách nổi bật nữa là cựu Tổng thư ký Liên hợp quốc Ban Ki-moon.
Tuy nhiều ,điều thú vị nhất là tên gọi của cây lại xuất phát từ những người Việt Nam. Năm 1957, ba bác sĩ Việt Nam là Đặng Thành Khôi, Vũ Tạ Cúc, Nguyễn Thúc Mậu khi đến thăm cây đã đề xuất ý tưởng đặt tên nó là "Cây Hữu nghị". "Năm 1957, các bác sĩ Việt Nam đến Sochi khi thấy trên một thân cây lại cho nhiều loại quả ngọt khác nhau, cam, quýt, chanh … đã so sánh với thực tế cuộc sống. Họ ví cây như Trái đất của chúng ta, đem lại cuộc sống cho mọi người, không phân biệt dân tộc, tín ngưỡng hay màu da. Và chính nhờ các bác sĩ Việt Nam năm 1957, cây được gọi là Cây Hữu nghị", bà Elena Grazhdanika, nhân viên vườn cho biết.
Chủ tịch Hồ Chí Minh đã để lại “dấu ấn xanh” trên Cây Hữu nghị năm 1959.
Ngày 16/7/1959, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã để lại "dấu ấn xanh" trên cây khi ghép cành vào Cây Hữu nghị. Trong cuốn sách của mình, bà Lyudmila Dmitrenko, học trò của Viện sĩ Zorin, nhớ lại rằng khi được đề nghị ghép, Bác Hồ đã mỉm cười và trả lời: "Tôi sẵn sàng ghép những cành vì hòa bình và tình bạn giữa các dân tộc, vào tất cả thời gian rảnh của mình".
Ngoài tấm biển tên Bác Hồ kính yêu của chúng ta và 3 bác sĩ người Việt Nam, trên "Cây Hữu nghị" còn treo tấm biển của Phó Chủ tịch nước Việt Nam Nguyễn Hữu Thọ, ghép cành vào cây năm 1969.
Một trong những truyền thống của khu vườn là trồng những "Cây Hữu nghị" non để vinh danh những sự kiện quan trọng. Hiện đã có 75 cây như vậy được trồng bởi những người từ các quốc gia khác nhau và ngành nghề khác nhau. Vào đầu những năm 60 của thế kỷ trước, nhà làm vườn người Sochi M.P. Andrusyak bắt đầu một truyền thống mới. Cô mang một bụi cây nhỏ về làm quà cho Cây Hữu nghị. Ngày nay trong vườn thực vật, bạn có thể thấy cây bồ đề từ Belarus, cây vân sam xanh từ Estonia, cây phong lan từ Pháp và cây anh đào từ Nhật Bản. Tổng cộng có hơn 10 "biểu tượng thực vật" của các quốc gia khác nhau như vậy. Tất cả đều tìm thấy một ngôi nhà ấm cúng và những người bạn thực sự ở Sochi. Đến năm 1981, theo sáng kiến của bà Lyudmila Dmitrienko, một bảo tàng đã được mở trong vườn. Bộ sưu tập của nó là các món quà tặng cho cây Tình Hữu nghị của người dân các nước trên thế giới.
Đó là những kỷ vật quốc gia, thư từ, ảnh, di vật, nhạc cụ, tiền xu, huy hiệu, hộp đựng đất từ những địa điểm lịch sử và đáng nhớ. Tổng cộng, bảo tàng lưu trữ hơn 20.000 món quà từ tất cả các châu lục trên hành tinh.
Hộp đựng đất lấy từ làng Sơn Mỹ của Việt Nam, nơi đã diễn ra vụ thảm sát kinh hoàng tại Bảo tàng "Cây Hữu nghị".
Tháng 5/1965, nhân viên bảo tàng Lev Tolstoy ở Yasnaya Polyana đã gửi một ít đất từ mộ nhà văn vĩ đại người Nga tới "Cây Hữu nghị". Ý tưởng này đã được ủng hộ và đất bắt đầu được gửi đến từ nhiều địa điểm đáng nhớ ở nhiều quốc gia châu Âu, châu Á và châu Mỹ. Đáng chú ý trong số những tặng vật "đất" như vậy là hộp đựng đất lấy từ làng Sơn Mỹ của Việt Nam, nơi đã diễn ra vụ thảm sát kinh hoàng, cướp đi sinh mạng của hơn 500 người dân vô tội. Hiện tại bảo tàng lưu giữ khoảng 30 món quà của người Việt Nam như bình hoa, bưu thiếp, tượng và những món đồ khác.
Theo bà Lyubov Nikiforova, nhân viên Bảo tàng, trong danh sách đến thăm vườn ghi nhận khoảng 70 lượt thăm của người Việt Nam, như Anh hùng Lao động đầu tiên của Việt Nam Ngô Gia Khảm, thăm vườn ngày 14/10/1969; bút tích của Phó Thủ tướng Phạm Hùng vào ngày 15/7/1982; hay mới nhất là chuyến thăm của anh Bùi Quang Huy, Bí thư Thứ nhất BCH TƯ Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh khi tham dự Liên hoan Thanh niên Thế giới 2024.
Bút tích lưu niệm của Phó thủ tướng Phạm Hùng vào ngày 15/7/1982.
"Cây Hữu nghị" là biểu tượng sống động độc đáo của sự đoàn kết, hòa bình, những khác biệt tồn tại trong sự hài hòa. Tất cả các nhánh đến từ nhiều nơi trên toàn thế giới của nó cùng tồn tại hoàn hảo trên một cây mẹ, phát triển, nở hoa và kết trái. Đặc biệt, khi tới thăm vườn và tận mắt nhìn thấy Cây Hữu nghị, bạn thực sự sẽ cảm nhận được tinh thần cao cả, đại đồng, chung sống hòa bình, hòa hợp trong bối cảnh thế giới đang có nhiều biến động bất ngờ như hiện nay.