Thông tin ban đầu liên quan đến vụ việc tàu cá QNg 96416 TS từ các cơ quan chức năng cho biết: Ngày 10/06/2020, trong khi đang di chuyển cách đảo Lin-côn thuộc quần đảo Hoàng Sa của Việt Nam khoảng 07 hải lý về phía Nam, tàu cá QNg 96416 TS bị một tàu sắt mang số hiệu 4006 và một ca nô của Trung Quốc áp sát gây ra sóng lớn, khiến 16 ngư dân cùng nhiều vật dụng trên tàu cá Việt Nam rơi xuống biển; tàu bị nước tràn vào, có nguy cơ chìm.
Một số người từ tàu Trung Quốc đã lên tàu cá Việt Nam bơm nước ra ngoài và đưa các ngư dân trở lại tàu. Trước khi rời đi, phía Trung Quốc dùng vũ lực ép thuyền trưởng tàu cá điểm chỉ vào một số giấy tờ bằng tiếng nước ngoài, lấy đi số lượng lớn hải sản, ngư cụ và trang thiết bị của tàu QNg 96416 TS.
Ngay trong ngày 10/6/2020, Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao và Đại sứ quán Việt Nam tại Bắc Kinh đã trao đổi với phía Trung Quốc khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa, yêu cầu phía Trung Quốc điều tra, xác minh thông tin vụ việc và thông báo kết quả cho các cơ quan chức năng của Việt Nam để tiếp tục phối hợp giải quyết.
Ngày 12/06/2020, tàu cá QNg 96416TS và toàn bộ ngư dân trên tàu đã về tới cửa Sa Kỳ, tỉnh Quảng Ngãi an toàn. Các ngư dân đang cách ly tại Trung tâm y tế Bình Sơn, Quảng Ngãi, theo quy định phòng, chống dịch COVID-19.
Hiện các cơ quan chức năng của Việt Nam đang tích cực thu thập và xác minh thông tin, làm rõ vụ việc và sẽ tiếp tục có các biện pháp giao thiệp với phía Trung Quốc, kiên quyết bảo vệ chủ quyền cũng như quyền và lợi ích hợp pháp của ngư dân Việt Nam.