Hiện nay, nhiều đối tượng đã lợi dụng sự thông thoáng của Luật doanh nghiệp trong thủ tục thành lập doanh nghiệp để thành lập nhiều công ty “ma”, thực tế không kinh doanh nhưng được tự tạo hóa đơn, xuất hóa đơn khống, sử dụng hóa đơn lòng vòng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT hoặc thanh toán tiền từ NSNN.
Theo các chuyên gia tài chính, công tác quản lý thuế gặp nhiều khó khăn, đặc biệt về quản lý kê khai, hoàn thuế GTGT. Bởi, với tỷ lệ 91,8% là hóa đơn giấy, 8,2% là hóa đơn điện tử nên không có quy định bắt buộc doanh nghiệp chuyển dữ liệu hóa đơn về cơ quan thuế.
Để phù hợp với thông lệ quốc tế, theo quy định tại Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế số 71/2014/QH13, từ ngày 1/1/2015 người nộp thuế không phải gửi Bảng kê hàng hóa dịch vụ mua vào, bán ra cho cơ quan thuế và không có quy định chuyển dữ liệu hóa đơn nên cơ quan thuế không có thông tin về giao dịch kinh tế ghi trên hóa đơn do đó nhiều đối tượng đã lợi dụng kẽ hở này để phát hành hóa đơn nhưng không kê khai nộp thuế để trốn thuế.
Bên cạnh đó, quy định hiện hành về quản lý, sử dụng hóa đơn (nội dung ghi trên hóa đơn, về thủ tục phát hành, quản lý hóa đơn, trách nhiệm của tổ chức kinh tế, trách nhiệm của cơ quan thuế…) được xây dựng cơ bản để áp dụng quản lý đối với hóa đơn giấy (theo hình thức đặt in, tự in) đã có nhiều sơ hở, bất cập, theo đó phương thức quản lý hóa đơn giấy đã trở nên lạc hậu không phù hợp với bối cảnh triển khai thủ tục hành chính điện tử và không phù hợp với tinh thần Nghị quyết số 36a/NQ-CP ngày 14/10/2015 về Chính phủ điện tử là giao Bộ Tài chính “thực hiện hóa đơn điện tử trên phạm vi toàn quốc; trong đó cơ quan thuế hỗ trợ doanh nghiệp vừa và nhỏ thực hiện hóa đơn điện tử có xác thực của cơ quan thuế”.
Theo Bộ Tài chính, do chưa có quy định bắt buộc về việc áp dụng hóa đơn điện tử nên dù hóa đơn điện tử mang lại nhiều lợi ích kinh tế so với hóa đơn giấy (hóa đơn điện tử giúp doanh nghiệp giảm chi phí quản lý, lưu trữ, tiết kiệm thời gian, bảo vệ môi trường….nhưng đến nay, việc áp dụng hóa đơn điện tử chưa thực sự đi sâu vào cộng đồng doanh nghiệp, xã hội và một số cơ quan khác của nhà nước cũng chưa chấp nhận hình thức hóa đơn điện tử của doanh nghiệp.
Hiện, số lượng doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử cũng đã tăng hơn trong những năm vừa qua (30 doanh nghiệp năm 2011, tăng lên 331 năm 2015 và năm 2016 là 656 đơn vị). Số lượng hóa đơn điện tử được sử dụng cũng tăng mạnh qua các năm (từ 9.014 năm 2011 lên hơn 277 triệu vào năm 2016). Ở thời điểm hiện tại, cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin (sử dụng mạng Internet) đã đủ năng lực đáp ứng việc sử dụng hóa đơn điện tử.
Theo số liệu của Cục Viễn thông (Bộ Thông tin và Truyền thông) thì đến tháng 1/2017 cả nước có hơn 43,9 triệu thuê bao 3G (thuê bao Internet băng rộng di động – Data Card 3G) và tổng số thuê bao Internet băng rộng cố định là hơn 9,3 triệu. Sóng 3G đã phủ khắp 63 tỉnh, thành phố và dịch vụ 4G cũng đang được các nhà mạng mở rộng.
Phía Tổng cục thuế cũng đã chuẩn bị về cơ sở hạ tầng với việc đảm bảo kết nối từ tổng cục (cấp trung ương) tới 63 cục thuế. Dịch vụ kê khai, nộp thuế điện tử cũng đã được triển khai với 576.056 doanh nghiệp (chiếm 99% doanh nghiệp đang hoạt động)…
Theo lộ trình được Tổng cục Thuế đưa ra: Từ đầu năm 2019, việc sử dụng hóa đơn điện tử và hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế sẽ mở rộng thêm với nhiều đối tượng doanh nghiệp khác. Mục tiêu là đến đầu năm 2020, sẽ có 80% các doanh nghiệp, tổ chức sử dụng hóa đơn điện tử, hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế. Trước tiên, các hộ kinh doanh có doanh thu trên 3 tỷ đồng sẽ bắt đầu bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử.