Ngày 12/7/2013, Quỹ Đầu tư và Phát triển tài năng bóng đá Việt Nam (PVF) đã chính thức khởi kiện Quyết định hành chính số 75/CV - BNĐ của BTC Giải ra TAND tỉnh Khánh Hòa (nơi diễn ra Giải đấu) với lý do: BTC đình chỉ thi đấu, loại khỏi giải đội U13 PVF tại quyết định này là trái pháp luật. PVF yêu cầu BTC phải bồi thường thiệt hại và xin lỗi công khai đối với đội bóng đá U13 của PVF và cá nhân cầu thủ Nguyễn Hồng Sơn. Đơn kiện đã được gửi tới Tòa án nhân dân tỉnh Khánh Hòa.
Bên cạnh việc khởi kiện ra tòa, PVF cũng đã gửi công văn gửi Liên đoàn Bóng đá Việt Nam - VFF, đề nghị thanh tra, xử lý các sai phạm của BTC Giải. Công văn có đoạn: “Với những lý do trên, cùng với việc tìm hiểu thông tin thực tế, PVF cho rằng vòng chung kết Giải bóng đá Thiếu niên toàn quốc Cup Yamaha 2013 có những biểu hiện tiêu cực với nhiều dấu hiệu khuất tất. Mặc dù, đến nay Giải đấu đã kết thúc; song PVF vẫn kính đề nghị Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, với chức năng, nhiệm vụ của mình, khẩn cấp xem xét, ra quyết định thanh tra, làm rõ các tiêu cực và có những biện pháp xử lý nghiêm khắc với Ban tổ chức Giải đấu nhằm mang lại sự công bằng cho các đội tham dự và sự trong sáng đúng với tinh thần cao thượng trong thi đấu thể thao”. Được biết, Tổng Thư ký VFF, Ngô Lê Bằng đã nhận được văn bản nêu trên và cam kết sẽ tiến hành thanh, kiểm tra vụ việc và sớm có câu trả lời. Công văn này cũng được PVF gửi tới Tổng cục Thể dục thể thao; Thanh tra Bộ VH,TT&DL; Sở VH,TT&DL Khánh Hòa để báo cáo vụ việc.
Theo PVF, tại Giải bóng đá Thiếu niên toàn quốc Cup Yamaha 2013 đang khởi tranh tại Nha Trang (Khánh Hòa), U13 PVF (thuộc Quỹ đầu tư và phát triển tài năng bóng đá Việt Nam) đã lọt vào bán kết sau khi vượt qua TP.HCM 2 - 1 ở trận tứ kết chiều 10/7. Tuy nhiên, ngay sau đó, BTC giải đã bất ngờ có quyết định đình chỉ việc tiếp tục tham gia giải của đội bóng U13 với lý do: Cầu thủ Nguyễn Hồng Sơn (số 8 của PVF) “cao to và già dặn hơn so với tuổi”. BTC giải lập luận: Bằng “biện pháp nghiệp vụ” đã ghi âm lại lời xác nhận của bà Hoàng Thị Tuyến - mẹ của cầu thủ này, rằng: Cháu Nguyễn Hồng Sơn sinh năm 1999 (thay vì năm 2000 - mới đủ điều kiện tham dự giải).
Đại diện PVF cho rằng, quyết định nêu trên là hoàn toàn thiếu căn cứ vì có sự khuất tất. Thông lệ, khi một vận động viên (VĐV) bị nghi ngờ gian lận tuổi tác thì BTC có quyền đình chỉ thi đấu đối với VĐV đó để điều tra, xử lý; BTC đã quyết định loại PVF ra khỏi giải không khách quan. PVF cũng khẳng định: Có đầy đủ các căn cứ chứng minh độ tuổi Nguyễn Hồng Sơn là phù hợp với điều lệ giải. Ông Nguyễn Xuân Nam, Giám đốc điều hành PVF, cho biết: “BTC chỉ dựa vào băng ghi âm lời nói của mẹ cầu thủ này để loại đội PVF là không thỏa đáng. Đó là chưa cần nói tới sự chính xác của việc xác nhận này thế nào (mẹ của Nguyễn Hồng Sơn sẵn sàng ra đối chất, khẳng định Sơn sinh năm 2000 và tố cáo nhiều hành vi không minh bạch khác). Bởi muốn xem xét lý lịch cầu thủ phải dựa vào hồ sơ, giấy tờ có chứng thực, chứ không thể căn cứ vào những luồng thông tin không được kiểm chứng. Hồ sơ của Nguyễn Hồng Sơn, từ học bạ, khai sinh, hộ khẩu cùng các loại giấy tờ liên quan khác đều xác nhận cầu thủ này sinh năm 2000 và có sự chứng thực của cơ quan Nhà nước...”.
Năm 2010, PVF đã nhận cầu thủ Nguyễn Hồng Sơn vào học tập và huấn luyện. Hồng Sơn từng được thi đấu tại nhiều giải bóng đá trong nước và khu vực. Điều đó chứng tỏ những giấy tờ, hồ sơ về cầu thủ này hoàn toàn hợp lệ và đã được công nhận ở nhiều giải đấu uy tín.
Được biết, chiều 11/7, U13 PVF đã ra sân khởi động và sẵn sàng cho trận bán kết. Tuy nhiên, BTC đã quyết định loại U13 PVF vì Nguyễn Hồng Sơn.