Tại cuộc gặp, hai bên nhất trí tiếp tục quan tâm phát triển sâu sắc hơn nữa quan hệ hữu nghị truyền thống và đối tác chiến lược thông qua việc tăng cường trao đổi các chuyến thăm cấp cao trong năm 2017, trong đó có chuyến thăm Việt Nam của Tổng thống Indonesia và chuyến thăm Indonesia của Chủ tịch nước Trần Đại Quang.
Hai bên cũng nhất trí thúc đẩy các cơ chế hợp tác, đặc biệt là Ủy ban Hợp tác song phương cấp Bộ trưởng Ngoại giao sẽ được tổ chức tại Việt Nam trong quý III/2017 và Ủy ban Hỗn hợp về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật.
Hai bên cũng nhất trí đẩy mạnh hợp tác an ninh – quốc phòng và cam kết sẵn sàng chia sẻ thông tin, phối hợp chặt chẽ trong vấn đề chống khủng bố nhằm ngăn chặn nguy cơ khủng bố trong khu vực, góp phần gìn giữ môi trường hòa bình, ổn định để phát triển. Hai Bộ trưởng nhấn mạnh cần thúc đẩy sớm giải quyết việc phân định vùng đặc quyền kinh tế ngoài thềm lục địa giữa hai nước.
Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Phạm Bình Minh đánh giá cao sự phối hợp của Bộ Ngoại giao Indonesia trong việc giải quyết vấn đề ngư dân Việt Nam bị bắt giữ tại Indonesia thời gian qua, đồng thời bày tỏ mong muốn Indonesia tiếp tục xử lý vấn đề này trên tinh thần nhân đạo, phù hợp với quan hệ đối tác chiến lược Việt Nam – Indonesia.
Bộ trưởng Ngoại giao Retno Marsudi nhất trí sẽ phối hợp chặt chẽ với Việt Nam trong năm APEC 2017 và thúc đẩy ASEAN giữ vai trò trung tâm, phát triển cân đối trên cả 3 trụ cột chính trị- an ninh, kinh tế, văn hóa và mở rộng hợp tác với bên ngoài.
Hai bên nhất trí tăng cường hợp tác, phối hợp và hỗ trợ Philippines hoàn thành Năm chủ tịch 2017, để đảm bảo chính sách và chủ trương của ASEAN trong các vấn đề khu vực tiếp tục được triển khai hiệu quả.
Về vấn đề Biển Đông, hai bên nhấn mạnh tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định, an ninh, an toàn hàng hải và hàng không; nhất trí kiên trì với lập trường chung là giải quyết tranh chấp thông qua các biện pháp hòa bình, trên cơ sở tôn trọng luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển (UNCLOS) 1982 và các tiến trình ngoại giao và pháp lý khác; phối hợp chặt chẽ với các nước ASEAN khác trong việc thực hiện hiệu quả Tuyên bố về cách ứng xử của các bên trên Biển Đông (DOC) và thúc đẩy sớm đạt được Bộ quy tắc ứng xử của các bên trên Biển Đông (COC).