Theo đó, Sở Chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh do ông Nguyễn Thành Phong, Chủ tịch UBND TP Hồ Chí Minh làm Chỉ huy trưởng; ông Phan Văn Mãi, Phó Bí thư Thường trực Thành ủy TP Hồ Chí Minh làm Phó Chỉ huy trưởng thường trực cùng với các phó chỉ huy trưởng và thành viên khác. Sở Chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh hoạt động 24/24 giờ.
Nhiệm vụ của Sở Chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh là tham mưu giúp Thành ủy, UBND TP Hồ Chí Minh quyết định các chủ trương, kế hoạch, biện pháp phòng, chống dịch COVID-19 trên địa bàn Thành phố. Dự báo tình huống, khả năng có thể xảy ra các cấp độ dịch COVID-19; tiếp nhận và xử lý các thông tin liên quan đến dịch COVID-19 và hoạt động lợi dụng tình hình dịch bệnh để trục lợi, phá hoại, gây rối mất an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội; chủ động đề xuất các chủ trương, kế hoạch, biện pháp phòng ngừa, ngăn chặn việc tuyên truyền, phát tán thông tin sai sự thật, đấu tranh làm thất bại âm mưu, ý đồ kêu gọi, kích động biểu tình, bạo loạn.
Sở Chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh cũng có trách nhiệm hướng dẫn, quyết định các phương án, kế hoạch phòng, chống dịch COVID-19 ở các địa phương; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát công tác phòng, chống dịch trên cơ sở trách nhiệm và địa bàn, khu vực được phân công.
Đồng thời nghiên cứu, đề xuất về kinh phí mua sắm thiết bị phòng, chống dịch COVID-19; chỉ đạo thực hiện công tác phối hợp quốc tế về phòng, chống dịch; chỉ đạo, kiểm tra công tác bồi dưỡng, huấn luyện nghiệp vụ, kỹ thuật, sử dụng các trang thiết bị, phương tiện phục vụ công tác phòng, chống dịch COVID-19. Quyết định hoặc báo cáo, xin ký kiến của cấp trên về áp dụng các biện pháp đặc biệt theo quy định pháp luật và các biện pháp cần thiết trong tình huống dịch bệnh vượt quá khả năng của Thành phố như ban bố tình trạng khẩn cấp về dịch COVID-19, thực hiện Lệnh giới nghiêm…
Ngoài ra trong tình huống khẩn cấp, Sở Chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh báo cáo ngay cấp trên để điều động lực lượng, phương tiện, vật chất hỗ trợ các lực lượng tại chỗ nhằm sớm ổn định tình hình.