Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông Vận tải chịu trách nhiệm chỉ đạo các đơn vị có liên quan phối hợp với nhà đầu tư các dự án BOT (dự án đầu tư theo hình thức xây dựng - vận hành - chuyển giao) và BOO (dự án đầu tư theo hình thức xây dựng - sở hữu - kinh doanh) xác định chi phí, doanh thu các dự án BOT, BOO trên cơ sở bảo đảm phương án tài chính, hiệu quả tổng thể các dự án, phù hợp với các quy định của pháp luật.
Trên cơ sở đó, Bộ Giao thông Vận tải quyết định việc trích doanh thu của các dự án BOT để xác định doanh thu của dự án thu phí theo hình thức điện tử tự động không dừng (Dự án ETC), bảo đảm nguyên tắc công khai, minh bạch, hài hòa lợi ích của Nhà nước, nhà đầu tư dự án BOT, nhà đầu tư Dự án ETC và người dân; không làm tăng mức phí dịch vụ sử dụng đường bộ đối với người tham gia giao thông so với các hình thức thu hiện hành.
UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với các dự án BOT tại địa phương) quyết định phương án lựa chọn nhà cung cấp dịch vụ thu phí theo thẩm quyền và quy định của pháp luật về đấu thầu để triển khai thu phí tự động không dừng tại các trạm thu phí do địa phương là cơ quan nhà nước có thẩm quyền; bảo đảm đúng lộ trình chuyển sang thu tự động không dừng theo quy định tại Nghị quyết số 437/NQ-UBTVQH14 ngày 21/10/2017 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Quyết định số 07/2017/QĐ-TTg ngày 27/3/2017 và các chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Chỉ thị số 06/CT-TTg ngày 27/2/2018.