Mặc dù từ năm 1996, UBND tỉnh Phú Yên đã lập bản đồ vị trí khoang vùng và quy định bảo vệ diện tích đầm Ô Loan, nhưng chính quyền huyện Tuy An cũng như chính quyền 5 xã có cư dân sống quanh đầm là An Hòa, An Hải, An Hiệp, An Cư và An Ninh Đông buông lỏng công tác quản lý, không xử lý kiên quyết những trường hợp sai phạm. Do đó, tình trạng xâm hại đầm Ô Loan ngày càng phổ biến.
Kết quả điều tra được UBND huyện Tuy An thực hiện vào tháng 5 vừa qua cho thấy, có đến 221 trường hợp lấn chiếm đất ven đầm để xây dựng nhà ở và công trình khác trái phép gần 28.487m2; lấn chiếm đất ven đầm để xây dựng lán trại nuôi tôm 198 trường hợp với diện tích hơn 8.974m2.
Ngoài ra có 752 hộ nuôi tôm gồm 1.039 hồ với diện tích hơn 430ha mặt nước, nhưng trong đó chỉ hơn 65ha có quyết định giao mặt nước cho các hộ nuôi, diện tích còn lại do người dân tự đắp đìa nuôi tôm trái phép.
Riêng tại xã An Hòa có 92 trường hợp lấn chiếm xây nhà và công trình trái phép với diện tích hơn 8.924m2; 109 trường hợp lấn chiếm đất ven đầm xây dựng lán trại và 122 hộ chiếm mặt nước đầm để nuôi tôm với diện tích hơn 90ha.
Ông Đinh Văn Ìn, Chủ tịch Hội Nông dân xã An Hòa cho biết: “Thời gian trước đây có một số hộ nuôi tôm tại khu vực này. Xã đã có nhiều lần tuyên truyền vận động, nhắc nhở. Đồng thời đã có công văn yêu cầu người dân, nhất là ở một số thôn như thôn Nhơn Hội không được vi phạm”.
Tuy vậy, theo đánh giá của UBND huyện Tuy An, mặc dù từ năm 2002 đến nay, UBND xã đã lập các thủ tục (lập biên bản vi phạm, biên bản làm việc, biên bản cam kết đối với 9 trường hợp) đình chỉ, ngăn chặn việc lấn chiếm, xây dựng kiên cố và mở rộng thêm nhưng vẫn chưa có biện pháp xử lý dứt điểm.
Từ năm 2014, UBND tỉnh Phú Yên đã có văn bản chỉ đạo UBND huyện Tuy An, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch... chấn chỉnh, xử lý tình trạng người dân lấn chiếm danh thắng đầm Ô Loan.
Tháng 8/2017, qua báo chí phản ánh, ông Phan Đình Phùng, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên đã trực tiếp kiểm tra và làm việc với huyện Tuy An cùng các sở, ngành liên quan để giải quyết các trường họp vi phạm, xác định trách nhiệm trong quản lý, bảo tồn thắng cảnh đầm Ô Loan; giao Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch tham mưu cho UBND tỉnh giao trách nhiệm quy hoạch cho các địa phương, đồng thời bàn giao các vị trí cắm mốc kèm theo sơ đồ; có quy hoạch cụ thể để xác định các giải pháp bảo tồn cho từng khu vực, đồng thời các ngành chức năng có giải pháp xử lý phù hợp với thực trạng hiện nay.
Song đến nay chính quyền các cấp và các ngành không thực hiện triệt để. Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch tổ chức bàn giao giao mốc trên hồ sơ nhưng chưa giao mốc trên thực địa cho địa phương quản lý; quy hoạch về vùng nuôi trồng thủy sản đã được tỉnh phê duyệt nhưng địa phương chưa quản lý chặt chẽ dẫn đến tình trạng lấn chiếm….
Tháng 3/2018, tại cuộc họp bàn công tác quản lý và quy hoạch phát triển bền vững đầm Ô Loan, ông Nguyễn Chí Hiến, Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh Phú Yên kết luận các quy hoạch ngành tại khu vực đầm Ô Loan đã cơ bản hoàn thiện, nhưng việc phối hợp giữa các sở, ngành và địa phương chưa chặt chẽ, dẫn đến tình trạng chồng chéo trong quản lý.
Công tác quản lý đất đai, trật tự xây dựng tại địa phương còn lỏng lẻo, nhiều hộ dân đã lấn chiếm vùng nuôi, xây dựng nhà trái phép trong thời gian dài, nhưng chính quyền địa phương không xử lý nghiêm…
UBND tỉnh Phú Yên giao trách nhiệm cụ thể cho huyện Tuy An cũng như các sở, ngành liên quan, trên cơ sở tỉnh đã phê duyệt Đồ án Quy hoạch chung xây dựng đô thị Ô Loan.
Ông Bùi Văn Thành, Chủ tịch UBND huyện Tuy An cho biết, Hiện UBND huyện đã đề xuất kiến nghị điều chỉnh quy hoạch danh thắng này; phân vùng khu vực giải tỏa và khu vực được tồn tại.
Huyện tiếp tục thực hiện quy hoạch theo quyết định của UBND tỉnh. Trong đó, diện tích nuôi các loài thủy sản xuống còn 264ha; quy hoạch lại vùng nuôi theo hướng phát triển bền vững, đồng thời tạo điều kiện cho phát triển du lịch.
“Khi đã tạo được vùng nuôi, sắp tới chúng tôi phối hợp thực hiện một dự án để trồng cây đước sẽ tạo điều kiện về môi trường để các loài thủy hải sản trú ngụ. Phương châm sẽ phát triển danh thắng Ô Loan là gắn du lịch với nuôi trồng thủy sản với những sản vật đặc trưng như tôm, sò huyết…:”, ông Bùi Văn Thành khẳng định.
Việc xử lý dứt điểm tình trạng lấn chiếm đầm Ô Loan không chỉ có ý nghĩa lớn trong bảo tồn và phát huy giá trị của một thắng cảnh cấp quốc gia, mà còn tạo điều kiện để phát triển nhiều loài thủy đặc sản vốn chỉ sinh trưởng trong đầm nên rất có giá trị kinh tế. Trên cơ sở đó, tỉnh Phú Yên sẽ mở ra nhiều hướng khai thác, phát triển kinh tế cho địa phương cũng như người dân trong vùng.