Trước tình trạng này, Tổng cục Môi trường, Bộ Tài nguyên và Môi trường phối hợp với Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản xây dựng kiểm kê nguồn ô nhiễm nước thải cho quản lý môi trường nước lưu vực sông.
Kiểm kê nguồn nước thải ô nhiễm lưu vực sông như một công cụ hỗ trợ để lập, thực hiện và đánh giá kế hoạch quản lý môi trường nước cho cấp lưu vực sông. Việc kiểm kê nhận biết các nguồn ô nhiễm sẽ được kiểm soát trong các khu vực mục tiêu, thiết lập tổng tải lượng ô nhiễm cần giảm, xây dựng chiến lược quản lý, kiểm soát chất lượng nước và so sánh ước tính tải lượng ô nhiễm trước và sau khi thực hiện kế hoạch quản lý môi trường nước.
Theo các chuyên gia Nhật Bản, ứng dụng hệ thống địa lý thông tin (GIS) sẽ hữu ích trong xử lý dữ liệu phân tán trong không gian, một ví dụ điển hình của việc sử dụng máy tính cho kiểm kê nguồn nước thải lưu vực sông. Hệ thống này có thể xác định vị trí mỗi nguồn điểm và xác định ranh giới xung quanh khu vực mỗi nguồn, tiết kiệm nguồn nhân lực. Tuy nhiên, dữ liệu và thông tin cần được số hóa.
Việc điều tra nguồn nước thải được thực hiện theo 4 cấp độ từ 20m-200m/ngày đêm trở lên, tất cả các nguồn nước thải thuộc đối tượng phải có giấy phép xả nước thải vào nguồn nước theo quy định của pháp luật về tài nguyên nước. Việc thực hiện điều tra nguồn nước thải ở các cấp độ tại tất cả các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được tiến hành từ nay đến trước ngày 1/1/2025.