Các sông ở Nghệ An, Thanh Hóa tiếp tục lên nhưng còn dưới mức BĐ1. Đề phòng nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất ở vùng núi các tỉnh từ Thanh Hóa đến Hà Tĩnh, đặc biệt là các huyện Lang Chánh, Thường Xuân, Quan Hóa, Mường Lát, Như Xuân, Như Thành, Quan Sơn, Bá Thước, Cẩm Thủy, Thạch Thành (Thanh Hóa) và ngập lụt ven sông, ngập úng ở vùng trũng tại các tỉnh trên. Cảnh báo cấp độ rủi ro thiên tai: Cấp 2.
Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai cho biết: Thiệt hại do bão số 3 và hoàn lưu do bão gây nhiều thiệt hại cho các tỉnh miền Trung đến ngày 17/9 như sau: Tỉnh Quảng Bình có 1 người chết (anh Nguyễn Văn Thức, sinh năm 1981 ở Mỹ Hòa, phường Quảng Phúc, thị xã Ba Đồn) do đi thả lưới bắt cá bị nước cuốn trôi kẹt vào cống; mất tích 1 người (anh Cao Thanh Hải, sinh năm 1976 ở bản Yên Hợp xã Thượng Hóa huyện Minh Hóa) đi ra bờ suối bị nước cuốn trôi, mất tích; bị thương 1 người tại xã Vạn Ninh; tốc mái 85 nhà tại thị trấn Nông trường Việt Trung huyện Bố Trạch (42 nhà); tại huyện Quảng Ninh (43 nhà); thiệt hại 5ha lúa, 3ha ngô, thất thoát 200 lồng cá.
Về tàu thuyền, ngày 13-14/9, trong lúc 3 tàu đánh cá của Quảng Bình đang trên đường đi vào bờ tìm nơi trú ẩn, một số tàu không may bị gặp nạn, hiện các thuyền viên trên tàu đã được các tàu bạn và lực lượng chức năng đưa vào bờ an toàn.
Trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh, có 220ha lúa Hè Thu và 170ha ngô Đông bị ngập; 1 cầu và cống qua đường bị cuốn trôi. Đường Quốc lộ 8A do mưa lớn bị ngập cục bộ 5 điểm, điểm ngập sâu nhất là 0,7m (tại Bến xe Thị trấn Tây Sơn) gây tắc nghẽn giao thông.
Hiện nay lực lượng Công an huyện và Công an địa phương đang túc trực và hướng dẫn lưu thông bằng đường tránh để đảm giao thông thông suốt và đảm bảo cho người và phương tiện qua lại; tại Km82 bị sạt lở, gãy đứt hoàn toàn 20m. Hồ Nước Lạnh, xã Sơn Tây, huyện Hương Sơn bị sạt trượt thân đập phụ dài 15m, rộng 5m.
Trung tâm dự báo Khí tượng Thủy văn Trung ương cảnh báo: Do ảnh hưởng của gió mùa Tây Nam nên ở vùng biển từ Bình Thuận đến Cà Mau, từ Cà Mau đến Kiên Giang và vịnh Thái Lan có mưa dông mạnh. Ở vùng biển từ Cà Mau đến Kiên Giang (bao gồm cả đảo Phú Quốc) và vịnh Thái Lan có gió Tây Nam mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 7-8.
Vùng biển từ Cà Mau đến Kiên Giang (bao gồm cả đảo Phú Quốc) và vịnh Thái Lan tiếp tục có gió Tây Nam mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 7-8, có mưa dông; sóng biển cao từ 2-3m, biển động.
Lũ trên các sông ở Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Nam đã đạt đỉnh ngày 16/9 và hiện đang xuống; các sông ở Thanh Hóa, Nghệ An và Nam Tây Nguyên có dao động nhỏ, các sông khác ở Trung Bộ và Bắc Tây Nguyên đang xuống.
Mực nước lúc 7 giờ ngày 17/9 trên sông Gianh tại Mai Hóa: 2,72m (dưới BĐ1: 0,28m); trên sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ: 12,22 m (trên BĐII: 0,72m); trên sông Kôn tại Thạnh Hoà: 5,37m.
Trong 1-2 ngày tới, mực nước đầu nguồn sông Cửu Long biến đổi theo triều, sau đó xuống chậm. Đến ngày 20/9, mực nước cao nhất ngày tại Tân Châu ở mức 2,32m; tại Châu Đốc ở mức 1,95m.