Do chi phí giải phóng mặt bằng tăng và điều chỉnh thiết kế, tổng mức đầu tư của dự án điều chỉnh lên 2.602 tỷ đồng; trong đó, số vốn Trái phiếu Chính phủ bố trí đến hết năm 2016 là 1.437 tỷ đồng, số vốn còn thiếu để hoàn thành toàn bộ dự án là 1.165 tỷ đồng.
Nghị quyết số 20/NQ-HĐND của Hội đồng nhân dân tỉnh Thái Bình ngày 10/9/2014 phê duyệt Dự án cải tạo, nâng cấp đường 39B đoạn từ đường vào Trung tâm Điện lực Thái Bình đến thị trấn Diêm Điền (huyện Thái Thụy) theo hình thức BOT (Hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao) kết hợp với hình thức BT. Nhà đầu tư ký kết sẽ hoàn thành toàn bộ dự án, đồng thời huy động vốn khoảng 720 tỷ đồng để thực hiện theo hình thức BOT và thu phí trong thời gian 21 năm để hoàn vốn đầu tư. Số vốn còn lại (khoảng 445 tỷ đồng) bố trí từ ngân sách tỉnh và các nguồn khác để thanh toán theo hình thức BT.
Quyết định 3299/QĐ-UBND ngày 28/12/2015 và Quyết định 97/QĐ-UBND ngày 23/12/2016 của UBND tỉnh Thái Bình cho phép Công ty Cổ phần Tasco thực hiện thu phí tại trạm thuộc Km 13+250 đường 39B đoạn tuyến tránh thị trấn Thanh Nê (huyện Kiến Xương) và đoạn từ đường vào Trung tâm Điện lực Thái Bình đến thị trấn Diêm Điền (huyện Thái Thụy) để hoàn vốn cho dự án, bắt đầu từ 6 giờ ngày 1/1/2017.
Trong đó, miễn phí 100% với các phương tiện dưới 12 chỗ, xe có tải trọng dưới 2 tấn, xe buýt vận tải khách công cộng và giảm 50% phí đối với các loại xe còn lại có đăng ký xe thuộc thị trấn Thanh Nê và xã Bình Minh (huyện Kiến Xương). Các phương tiện khác không thuộc đối tượng ưu tiên trên sẽ phải nộp phí với mức từ 30.000 đồng/vé/lượt (với xe dưới 12 chỗ, xe có tải trọng dưới 2 tấn, xe buýt vận tải khách công cộng) và cao nhất là xe có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 fit với mức 200.000 đồng/vé/lượt.
Tuy nhiên, ngay trong những ngày đầu thực hiện thu phí đã vấp phải sự không đồng tình của nhiều chủ xe lưu thông qua tuyến đường này. Ông Phan Thanh Hương, Phó Giám đốc Ban quản lý dự án cải tạo, nâng cấp quốc lộ 39B cho biết, từ ngày 1/1/2017 đến nay có nhiều phương tiện tham gia giao không thực hiện trả phí, dẫn đến ùn ứ xe. Tình trạng này diễn ra tập trung vào khoảng từ 6 đến 7 giờ sáng và từ khoảng 15 đến 18 giờ chiều. Cao điểm nhất từ 15 giờ đến 18 giờ chiều ngày 3/1, có khoảng 30 - 35 xe tải, xe khách, xe ô tô con tắc nghẽn do có một số phương tiện không chấp hành việc thu phí tại trạm BOT.
Để kịp thời xử lý tình huống trên, trạm đã phải mở thông làn, không thu phí cho các phương tiện giao thông di chuyển. Sau đó, Ban quản lý đã báo cáo tình hình với các cơ quan có thẩm quyền, trước mắt phía Ban quản lý và Trạm thu phí phối hợp với lực lượng Công an huyện, Thanh tra Sở Giao thông vận tải nhằm điều tiết giao thông thuận lợi hơn. Ông Hương cho biết thêm, đến nay Ban quản lý đã nhận được đơn đề nghị miễn thu phí tại trạm BOT 39 Km 13+250 của một số nhà xe như nhà xe Thịnh Phú, Phiệt Học...
Ngày 3/1/2017 UBND huyện Kiến Xương đã có báo cáo số 01 gửi UBND tỉnh Thái Bình về tình trạng diễn ra những ngày đầu thu phí tại trạm. Theo báo cáo này, một số chủ xe, chủ doanh nghiệp vận tải ở khu Nam Kiến Xương, khu vực huyện Tiền Hải kiến nghị về thu phí tại trạm bởi nhiều xã đến thị trấn Thanh Nê chỉ 1 đoạn đường ngắn, song phí phải nộp khá cao. Đồng thời, việc đặt 2 trạm thu phí gần nhau, một trạm ở đầu tuyến đường tránh vào thị trấn Thanh Nê, một trạm trên đường vào thị trấn, nằm tại ngã ba tuyến tránh, cách trạm thứ nhất khoảng 150 m là không hợp lý, dễ xảy ra xung đột giao thông. Theo ghi nhận đến chiều ngày 4/1, tình trạng nhiều lái xe không thực hiện trả phí qua trạm này vẫn diễn ra, ùn tắc xảy ra cục bộ.
Anh Bùi Mạnh Hùng, chủ xe khách Mạnh Hùng cho biết, hiện nay nhà xe có 9 đầu xe chạy tuyến Bến xe khách Thái Bình - Hà Nội và tuyến Bến xe Kiến Xương - Hà Nội, trong đó có 3 xe 45 chỗ ngồi và 6 xe 29 chỗ ngồi. Anh Hùng cho rằng, chủ trương chung thu phí đường đã cải tạo, nâng cấp là phù hợp, tuy nhiên các ngành chức năng cần xem xét lại mức thu, xe đi đến đâu trả phí đến đó như các trạm BOT khác đang thực hiện. Cụ thể, hiện nay khoảng cách từ trạm thu phí về Bến xe Kiến Xương chỉ khoảng 150 m nhưng nhà xe vẫn phải chịu mức phí cho cả quãng đường đến thị trấn Diêm Điền (gần 30km) là 65.000 đồng/lượt. Trong khi đó, nhà xe không thể tăng giá vé trên mỗi hành khách để bù trừ chi phí vé qua trạm BOT này.
Không chỉ vậy, gia đình anh Hùng thường trú tại xã Quang Lịch (huyện Kiến Xương), có con nhỏ đang học tại Trường mầm non Hoa Sen (thuộc thị trấn Thanh Nê), cách nhà khoảng 5km. Hàng ngày, gia đình anh đưa đón con đi học bằng xe ô tô 4 chỗ và với mức thu như hiện nay, trung bình gia đình anh phải bỏ ra 120.000 đồng/ngày để đưa đón con đi về 4 lần/ngày. Chủ các phương tiện và người dân trên địa bàn mong muốn các ngành chức năng sớm có biện pháp phù hợp giải quyết những vướng mắc tại trạm thu phí này nhằm tạo thuận lợi cho người dân tham gia giao thông trên tuyến đường.