Nguyên nhân là do mưa lớn liên tiếp từ tối 16/10 đến sáng 17/10, tại Hướng Linh, Hướng Lộc, Lao Bảo (huyện Hướng Hóa) lượng mưa lần lượt đạt 467mm, 280mm, 246mm. Các địa phương khác, lượng mưa phổ biến trên 150mm - 200mm. Dự báo từ ngày 17-21/10, trên địa bàn tỉnh Quảng Trị có mưa to đến rất to, do đó xảy ra tình trạng ngập lụt sâu trên diện rộng nghiêm trọng trở lại tại những vùng thấp trũng, đồng bằng của các huyện Vĩnh Linh, Gio Linh, Cam Lộ, Triệu Phong và Hải Lăng.
Theo ghi nhận, từ tối 16 đến sáng sớm 17/10, nhiều khu dân cư ở thành phố Đông Hà và các huyện Triệu Phong, Hải Lăng, Cam Lộ và thị xã Quảng Trị đã bị ngập sâu từ 0,5 – 1m. Bà Lê Thị Mừng, 60 tuổi, ở thôn Bích Lộc Tiêu, xã Triệu Long, huyện Triệu Phong cho biết: Nước lũ trên sông Thạch Hãn lên nhanh nên người dân phải thường xuyên túc trực để di dời tài sản và sơ tán để đảm bảo an toàn. Đây đã lần thứ ba chỉ trong 10 ngày qua, người dân phải chạy lũ lớn.
Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Trị vừa có Công điện về việc tiếp tục triển khai phương án ứng phó với đợt mưa lũ mới; yêu cầu các địa phương, lực lượng chức năng tập trung cứu hộ, sơ tán dân ra khỏi vùng nguy hiểm và bị cô lập; tổ chức chi viện lương thực, nhu yếu phẩm thiết yếu cho người dân; tổ chức canh gác, hướng dẫn giao thông tại các bến đò ngang, ngầm qua suối để tránh xảy ra thiệt hại về người.
Trước đó, từ ngày 7-10/10 và 12-13/10, trên địa bàn tỉnh Quảng Trị liên tiếp xảy ra 2 trận lũ lớn; lũ trên sông Hiếu trên báo động 3 và vượt đỉnh lũ lịch sử năm 1983. Tương tự, lũ trên sông Thạch Hãn cũng trên báo động 3 và xấp xỉ đỉnh lũ lịch sử năm 1999. Lũ lụt kéo dài khiến hơn 43.500 hộ với trên 134.000 người Quảng Trị bị ảnh hưởng. Tỉnh đã triển khai sơ tán trên 8.500 hộ với gần 26.000 người đến khu vực an toàn. Mưa lũ cũng đã làm 16 người chết, 3 người mất tích, 11 người bị thương. Về nông nghiệp, có gần 800 ha ao hồ nuôi thủy sản, gần 2.500 ha rau màu bị ngập lụt hầu như mất trắng; hàng trăm nghìn con gia súc, gia cầm bị lũ cuốn trôi. Các tuyến Quốc lộ 15D, 9D, 49C, 9 và đường liên tỉnh bị sạt lở nghiêm trọng. Tổng thiệt hại ban đầu do mưa lũ ở Quảng Trị ước tính khoảng 350 tỷ đồng.