Thông tin ban đầu, vào thời điểm trên, ông Ngô Duy Thân (sinh năm 1948, trú thôn Tân An, xã Xuân Sơn Nam) điều khiển xe máy biển kiểm soát 78-786PQ đi từ Trạm y tế xã Xuân Sơn Nam băng qua đường sắt (đoạn đường dân sinh giao cắt không có rào chắn) hướng ra tuyến đường DT641 (thuộc địa phận thôn Tân Vinh, xã Xuân Sơn Nam, huyện Đồng Xuân). Chiếc xe máy của ông Ngô Duy Thân đã bị tàu chở khách SE4, do ông Trần Ngô Quốc (sinh 1983, trú phường Phước Hòa, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa) điều khiển theo hướng từ Nam ra Bắc, đâm trực diện.
Vụ tai nạn đã khiến xe máy của ông Ngô Duy Thân bị tàu kéo lê hàng chục mét. Ông Thân sau đó văng ra đường, tử vong tại chỗ.
Ngay sau khi tai nạn xảy ra, lực lượng chức năng đã có mặt tại hiện trường để xử lý vụ việc. Tàu SE4 chậm hành trình so với quy định 22 phút.
Đoạn giao nhau giữa đường sắt dân sinh từ thôn Tân Vinh qua tuyến đường DT641 không có rào chắn rất nguy hiểm. Đây là con đường hàng ngày hơn 830 hộ dân với hơn 23.360 nhân khẩu qua lại.
Chính quyền địa phương, người dân đã kiến nghị ngành Đường sắt sớm có gác chắn tàu để đảm bảo an toàn giao thông.