Từ khi bãi rác núi Bông, có diện tích 12 ha tại phường Khai Quang, thành phố Vĩnh Yên, đóng cửa vào năm 2009 do bãi rác này được lấp đầy qua sử dụng nhiều năm trước đó, việc quy hoạch xây dựng bãi rác quy mô lớn ở Vĩnh Phúc gặp nhiều khó khăn, trở ngại. Cho dù tỉnh Vĩnh Phúc đã cố gắng tìm mặt bằng, quy hoạch bãi rác mới quy mô lớn, nhưng cứ đề cập tới quy hoạch xây dựng ở địa phương nào thì người dân ở địa phương đó lại không đồng thuận. Chính vì thế, nhiều năm qua, rác sinh hoạt của thành phố Vĩnh Yên và một số địa phương trong tỉnh được đưa về bãi rác tạm ở khu Gò Chai, phường Khai Quang để chôn lấp. Đô thị lớn thứ hai của tỉnh Vĩnh Phúc là thành phố Phúc Yên cũng chỉ có một số nơi đổ và xử lý rác tạm thời, ngắn hạn tại địa bàn.
Không chỉ riêng hai đô thị lớn tại Vĩnh Phúc “đau đầu” vì rác mà cả chục xã, thị trấn có làng nghề, dịch vụ phát triển ở Vĩnh Phúc cũng lâm vào tình trạng ô nhiễm do các loại rác thải, chất thải. Mỗi ngày, khu vực nông thôn ở Vĩnh Phúc thải ra môi trường gần 600 tấn rác, chủ yếu tập trung ở các xã, thị trấn có làng nghề, dịch vụ phát triển, nhưng khả năng thu gom, xử lý ở khu vực này mới đạt khoảng 69% và chủ yếu theo phương thức chôn lấp tạm thời.
Cả vùng đô thị và nông thôn ở Vĩnh Phúc, phần lớn rác thải được thu gom nhưng chưa được xử lý bài bản, đúng quy trình; số lượng rác chưa được thu gom, chôn lấp cũng rất lớn. Đây là nguyên nhân khiến nhiều ruộng đồng, ao, hồ, kênh, mương, đồi, bãi... ô nhiễm nặng vì rác phát tán, đặc biệt là các đồ nhựa, túi nilong khó phân hủy đã làm ảnh hưởng đến việc canh tác, tắt nghẽn dòng chảy của nhiều kênh mương, khiến người dân bức xúc.
Dạo quanh các đồi núi, ao hồ, đầm của khu vực ngoại thành Vĩnh Yên, có thể thấy rác đổ tràn lan ở nhiều nơi. Hệ thống ao, hồ ở thành phố Vĩnh Yên đang bị ô nhiễm nghiêm trọng. Một số hồ có màu nước từ trong xanh ngả sang đen ngòm và bốc mùi hôi nồng. Người dân thì đổ lỗi cho chính quyền và ngành chức năng yếu kém trong công tác bảo vệ môi trường. Chính quyền lại đổ cho người dân thiếu ý thức, đổ chất thải, rác thải ra môi trường tràn lan làm cho các ao, hồ, đầm trên địa bàn ô nhiễm nghiêm trọng. Điển hình như đầm Vạc, đây là đầm thiên nhiên có từ lâu đời thuộc khu trung tâm thành phố Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc, rộng hàng trăm ha, vài năm qua bị ô nhiễm do rác thải, nước thải…
Hệ thống thủy lợi và đồng ruộng cũng bị ô nhiễm nặng, ảnh hưởng đến dòng chảy do rác thải. Tỉnh Vĩnh Phúc đã yêu cầu các địa phương không đổ rác thải, chất thải xuống các kênh, mương, ao hồ… và đã giao cho Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh xây dựng phương án lắp đặt hệ thống lưới chắn rác. Đầu năm 2017, hệ thống kênh thủy lợi Liễn Sơn tại Vĩnh Phúc đã được lắp đặt 41 vị trí lưới chắn rác; trong đó 26 vị trí trên sông chính Tả ngạn; còn lại là các kênh lớn, nhỏ. Việc lắp đặt hệ thống lưới chắn rác này nhằm phân rõ trách nhiệm trong công tác quản lý của chính quyền địa phương nơi có dòng kênh chảy qua. Chính quyền xã, thị trấn nào để xảy ra tình trạng vứt rác thải xuống kênh thủy lợi sẽ phải chịu trách nhiệm trước UBND huyện và tỉnh Vĩnh Phúc. Bên cạnh đó, việc lắp hệ thống lưới chắn rác còn để tránh tình trạng các xã, thị trấn đùn đẩy và trốn tránh trách nhiệm đã để tình trạng người dân vứt rác xuống kênh.
Để hạn chế tình trạng ô nhiễm chất thải nói chung, Vĩnh Phúc đã đầu tư các lò đốt rác thải sinh hoạt quy mô cấp xã và bàn giao cho các địa phương khai thác, vận hành, nhưng được thời gian ngắn Bộ Tài nguyên và Môi trường yêu cầu dừng vì mô hình này chưa phù hợp. Các sở, ngành liên quan tham mưu cho UBND tỉnh triển khai dự án đầu tư nhà máy xử lý rác thải sinh hoạt tập trung, sử dụng công nghệ đốt theo hình thức xã hội hóa để giải quyết triệt để vấn đề rác thải sinh hoạt của tỉnh, nhưng suốt hơn 10 năm vẫn khó tìm địa điểm, cơ chế ưu đãi…
Gần đây nhất, Vĩnh Phúc quy hoạch, giải phóng mặt bằng xây dựng bãi rác quy mô lớn tại xã Trung Mỹ, huyện Bình Xuyên (theo đề xuất của Sở Xây dựng, Sở Tài nguyên và Môi trường) được các cơ quan nghiên cứu, khảo sát và đề xuất đánh giá là phù hợp nhất về quy hoạch và các yêu cầu kỹ thuật về bảo vệ môi trường như khoảng cách an toàn môi trường, hướng gió, tuyến đường vận chuyển rác thải sinh hoạt... Tỉnh đã có Thông báo số 140/TB-UBND ngày 24/8/2017, trong đó thống nhất lựa chọn địa điểm để triển khai xây dựng nhà máy xử lý chất thải rắn tập trung. Năm 2018, tỉnh tiến hành triển khai một số công việc để tiến tới xây dựng bãi rác này. Tuy nhiên, đề xuất các vị trí trên chưa nhận được sự đồng thuận của chính quyền và nhân dân địa phương. Tỉnh Vĩnh Phúc tiếp tục vận động tuyên truyền, giải thích để nhân dân đồng tình ủng hộ.