Theo Thông tư 40, nguồn kinh phí để chi công tác phí, chi hội nghị là ngân sách nhà nước; nguồn thu phí được để lại theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí. Nguồn thu từ hoạt động sự nghiệp, dịch vụ của đơn vị sự nghiệp công lập; Nguồn kinh phí khác theo quy định của pháp luật (nếu có).
Quy định về thanh toán khoán kinh phí sử dụng ô tô khi đi công tác, khoán tiền tự túc phương tiện đi công tác.
Đối với các chức danh lãnh đạo có tiêu chuẩn sử dụng xe ô tô khi đi công tác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ tự nguyện đăng ký thực hiện khoán kinh phí sử dụng xe ô tô khi đi công tác.
Mức thanh toán khoán kinh phí sử dụng xe ô tô khi đi công tác thực hiện theo quy định tại Thông tư số 159/2015/TT-BTC ngày 15/10/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số Điều của Quyết định số 32/2015/QĐ-TTg ngày 04/8/2015 của Thủ tướng Chính phủ quy định tiêu chuẩn, định mức và chế độ quản lý, sử dụng xe ô tô trong cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.
Đối với cán bộ, công chức, viên chức không có tiêu chuẩn được bố trí xe ô tô khi đi công tác, nhưng nếu đi công tác cách trụ sở cơ quan từ 10 km trở lên (đối với các xã thuộc địa bàn kinh tế xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn theo các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ) và từ 15 km trở lên (đối với các xã còn lại) mà tự túc bằng phương tiện cá nhân của mình thì được thanh toán khoán tiền tự túc phương tiện bằng 0,2 lít xăng/km tính theo khoảng cách địa giới hành chính và giá xăng tại thời điểm đi công tác và được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.
Ngoài ra, mức phụ cấp lưu trú để trả cho người đi công tác là 200.000 đồng/ngày.
Trường hợp đi và về trong ngày, thủ trưởng cơ quan, đơn vị quyết định mức phụ cấp lưu trú theo các tiêu chí: Căn cứ theo số giờ thực tế đi công tác trong ngày, theo thời gian phải làm ngoài giờ hành chính (bao gồm cả thời gian đi trên đường), quãng đường đi công tác và được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của cơ quan, đơn vị.
Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động ở đất liền được cử đi công tác làm nhiệm vụ trên biển, đảo thì được hưởng mức phụ cấp lưu trú: 250.000 đồng/người/ngày thực tế đi biển, đảo (áp dụng cho cả những ngày làm việc trên biển, đảo, những ngày đi, về trên biển, đảo)….
Đáng lưu ý, Thông tư 40 cũng quy định cụ thể nếu thanh toán công tác phí theo hình thức khoán thì lãnh đạo cấp Bộ trưởng, Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 trở lên, mức khoán là 1 triệu đồng/ngày/người, không phân biệt nơi đến công tác.
Đối với các đối tượng cán bộ, công chức, viên chức và người lao động còn lại: Đi công tác ở quận, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương và thành phố là đô thị loại I thuộc tỉnh thì mức khoán là 450.000 đồng/ngày/người.
Đi công tác tại huyện, thị xã thuộc thành phố trực thuộc trung ương, tại thị xã, thành phố còn lại thuộc tỉnh, mức khoán là 350.000 đồng/ngày/người; Đi công tác tại các vùng còn lại, mức khoán là 300.000 đồng/ngày/người.
Trong trường hợp người đi công tác không nhận thanh toán theo hình thức khoán thì được thanh toán theo giá thuê phòng thực tế (có hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật) do thủ trưởng cơ quan, đơn vị duyệt theo tiêu chuẩn sau: lãnh đạo cấp Bộ trưởng và các chức danh tương đương được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 2,5 triệu đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng, không phân biệt nơi đến công tác.
Đi công tác tại các quận, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương và thành phố là đô thị loại I thuộc tỉnh: Đối với Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 đến 1,3 thì được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1,2 triệu đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng.
Đối với các đối tượng còn lại thì được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1 triệu đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn 2 người/phòng.
Đi công tác tại các vùng còn lại: Đối với Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 đến 1,3 thì được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1,1 triệu đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng.
Đối với các đối tượng còn lại thì được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 700.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn 2 người/phòng….
Bên cạnh đó, Thông tư 40 cũng quy định cụ thể về mức chi tổ chức hội nghị. Theo đó, chi thù lao cho giảng viên, chi bồi dưỡng báo cáo viên; người có báo cáo tham luận trình bày tại hội nghị: Thực hiện theo mức chi thù lao quy định đối với giảng viên, báo cáo viên tại Thông tư số 139/2010/TT-BTC ngày 21/9/2010 của Bộ Tài chính quy định việc lập dự toán, quản lý và sử dụng kinh phí từ ngân sách nhà nước dành cho công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức.
Chi giải khát giữa giờ: 20.000 đồng/1 buổi (nửa ngày)/đại biểu.
Chi hỗ trợ tiền ăn cho đại biểu là khách mời không trong danh sách trả lương của cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập và doanh nghiệp theo mức khoán như sau: Đối với cuộc họp tổ chức tại địa điểm nội thành của thành phố trực thuộc Trung ương là 200.000 đồng/ngày/người.
Đối với cuộc họp tổ chức tại địa điểm nội thành, nội thị của thành phố trực thuộc tỉnh; tại các huyện, thị xã thuộc tỉnh là 150.000 đồng/ngày/người; Riêng đối với cuộc họp do xã, phường, thị trấn tổ chức (không phân biệt địa điểm tổ chức) là 100.000 đồng/ngày/người.