Ngay sau đó, đầu tháng 8/2018, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội đã phê duyệt kế hoạch quản lý, bảo tồn, phát huy giá trị Khu di tích Cổ Loa giai đoạn 2018 – 2020, tầm nhìn đến năm 2030. Đây được coi là quyết định kịp thời, mở lối cho công tác quản lý, bảo tồn, phát huy giá trị của khu di tích vốn rất quý này.
Theo thống kê của Ban quản lý di tích Cổ Loa, tại mặt thành và chân các vòng thành Nội, thành Trung, thành Ngoại có tới 1.000 hộ dân sinh sống từ nhiều đời nay, thậm chí tới 200 – 300 năm. Đây là yếu tố lịch sử để lại nên trước thời điểm Cổ Loa được công nhận di tích quốc gia năm 1962, khu vực này không có ai quản lý, người dân tự do xây dựng nhà cửa. Đến năm 2006, hầu như người dân được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất theo Luật Đất đai, vì thế vô tình đã tạo ra sự mâu thuẫn giữa công tác bảo tồn và cuộc sống trong giai đoạn hiện nay.
Do nhu cầu cuộc sống người dân, một số đoạn trên mặt thành còn bị xẻ ra, san ủi để làm đường và xây dựng các công trình dân sinh. Hiện tại, vòng thành Nội gần như mất đi toàn bộ hình dáng, chỉ còn sót lại một vài ụ đất. Vòng thành Trung và thành Ngoại vẫn còn giữ được hình dáng song độ cao đã bị thay đổi. Tại các hào nước, người dân còn lấp đi để xây nhà hoặc có khu vực được sử dụng trồng lúa, nuôi cá làm biến dạng các dấu tích cũ. Hơn nữa, di chỉ khảo cổ học Đồng Vông trên doi đất bên sông Hoàng Giang đang có nguy cơ bị xóa sổ vì các công trình dân sinh.
Ông Lê Viết Dũng, Phó Trưởng Ban quản lý di tích Cổ Loa cho biết, Ban chỉ quản lý các điểm di tích trong khu vực thành Nội cùng một vài địa điểm khác với diện tích 40 ha, trong khi diện tích còn lại của khu di tích rộng khoảng 860 ha do chính quyền xã Cổ Loa quản lý. Vì vậy, khi phát hiện những vi phạm trong khu vực ba vòng thành đất, khu hào nước cũng như các di chỉ khảo cổ học khác thuộc sự quản lý của chính quyền xã Cổ Loa, Ban quản lý di tích Cổ Loa chỉ biết làm văn bản đề nghị xã xử lý. Với số lượng vụ việc vi phạm nhiều, chính quyền địa phương chậm xử lý nên mức độ xâm phạm di tích là nghiêm trọng.
Tiến sỹ Phạm Quốc Quân, nguyên Giám đốc Bảo tàng Cách mạng Việt Nam, Ủy viên Hội đồng Di sản văn hóa Quốc gia bày tỏ, trong câu chuyện quản lý vẫn thường xảy ra xung đột giữa địa phương và Ban quản lý di tích Cổ Loa bởi sự phân công, phân cấp trong quản lý. Việc quản lý tại đây dường như luôn có sự thỏa thuận, chưa có nguyên tắc thông qua một cách chính thức.
Về vấn đề phát huy giá trị di tích Cổ Loa, Phó giáo sư, Tiến sỹ Nguyễn Văn Huy, Phó Giám đốc Trung tâm nghiên cứu và phát huy giá trị di sản văn hóa cho rằng, khách đến Cổ Loa chủ yếu vào dịp lễ hội đầu năm, các tháng còn lại trong năm hầu như không có khách. Bởi ngoài những di tích đình, đền, am, di tích này chưa được đầu tư nhiều, chưa tạo được sự hấp dẫn để lôi kéo khách. Đây cũng là nỗi trăn trở khi di sản văn hóa hàng nghìn năm tuổi gắn với buổi đầu dựng nước của dân tộc chưa phát huy xứng tầm để trở thành điểm du lịch hấp dẫn của Hà Nội.
Kế hoạch quản lý, bảo tồn, phát huy giá trị Khu di tích Cổ Loa giai đoạn 2018 – 2020, tầm nhìn đến năm 2030 do Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội ban hành với mục tiêu bảo tồn nguyên vẹn tình trạng hiện nay của các công trình, phục hồi một số đoạn tường thành, xây dựng kế hoạch bảo tồn phù hợp đối với mỗi loại hình. Ủy ban nhân dân thành phố yêu cầu các cơ quan liên quan xác định những nguy cơ làm ảnh hưởng tới giá trị của khu di tích và đề xuất biện pháp giải quyết triệt để.
Khu di tích được bảo vệ hài hòa với nhu cầu phát triển về môi trường, du lịch, đảm bảo điều kiện số của dân cư trong khu vực di tích; nâng cao nhận thức của cộng đồng trong công tác quản lý và bảo vệ di tích gắn với quyền lợi và trách nhiệm của người dân địa phương. Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội cũng yêu cầu xây dựng cơ chế phối hợp giữ các bên liên quan gồm cơ quan chủ quản, cơ quan chuyên môn, chính quyền địa phương trong quá trình lập kế hoạch quản lý. Cơ quan quản lý di tích cần tái hiện, kết nối các câu chuyện lịch sử thu hút khách tham quan, xây dựng kế hoạch quảng bá, phát huy giá trị di tích.
Riêng trong công tác quản lý bảo tồn các di tích, Ban quản lý di tích Cổ Loa sẽ xây dựng dự án bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị khu vực lõi thành Cổ Loa, xây dựng kế hoạch khảo sát, kiểm tra, theo dõi đánh giá tình trạng kỹ thuật các di tích kiến trúc và hệ thống thành hào. Với công tác quản lý dân cư và sức ép phát triển, cơ quan quản lý khu di tích sẽ phối hợp với Ủy ban nhân dân huyện Đông Anh cùng các ban ngành đẩy nhanh công tác di dời các hộ dân sinh sống trong các khu vực bảo vệ của di tích, nghiên cứu điều chỉnh các tuyến giao thông trong khu vực di tích.
Dù còn rất nhiều vấn đề còn phải đặt ra trong công tác quản lý, bảo tồn, phát huy Khu di tích quốc gia đặc biệt Cổ Loa, song nhiều người cũng kỳ vọng khu di tích này sẽ có vị trí xứng đáng hơn so với hiện trạng trước đó.