Theo báo cáo do Đại đức Thích Đạo Hiển, Phó Trưởng ban, Chánh Thư ký Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh ký, các hiện tượng trên tại chùa Ba Vàng đã xảy ra từ lâu. Ngày 26/8/2015, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh đã có công văn số 125/CV-BTS gửi Ban Thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Ban Tăng sự Trung ương xin ý kiến chỉ đạo và gửi UBND tỉnh Quảng Ninh, Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Quảng Ninh, UBND thành phố Uông Bí và Phòng Nội vụ thành phố Uông Bí đề nghị phối hợp giải quyết một số vấn đề, trong đó có vấn đề báo chí nêu.
Trong các cuộc họp thường kỳ của Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh có sự tham gia của các cơ quan, ban, ngành tỉnh Quảng Ninh, tập thể Ban Trị sự và nhiều thành viên đã thường xuyên có ý kiến góp ý chân thành về vấn đề này với Đại đức Thích Trúc Thái Minh - trụ trì chùa Ba Vàng. Tuy nhiên, từ đó đến nay, tình hình vẫn không tiến triển, thậm chí còn có nhiều ý kiến quy chụp Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh mất đoàn kết nội bộ, ganh tỵ với chùa Ba Vàng. Mặc dù vậy, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh vẫn rất tích cực, kiên trì trong việc động viên, nhắc nhở trụ trì và tăng ni, Phật tử chùa Ba Vàng tu học đúng giới luật Phật chế, thực hiện đúng Hiến chương Giáo hội Phật giáo Việt Nam và pháp luật nhà nước.
Về việc kỷ luật Đại đức Thích Trúc Thái Minh, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh nhận thấy: Đại đức Thích Trúc Thái Minh là Ủy viên dự khuyết Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Căn cứ vào Hiến chương Giáo hội và Nội quy Ban Tăng sự quy định phân cấp quản lý thuộc Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh sẽ nghiêm túc thực hiện quy trình theo đúng hướng dẫn của Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
Trước đó, trả lời phóng viên TTXVN, Thượng tọa Thích Đức Thiện, Phó Chủ tịch, Tổng thư ký Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam cho biết, Giáo hội Phật giáo Việt Nam đã có văn bản chỉ đạo Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh tổ chức ngay buổi họp với Đại đức Thích Trúc Thái Minh, trụ trì chùa Ba Vàng để làm rõ sự việc, nếu đúng như báo chí phản ánh sẽ có hình thức kỷ luật nghiêm khắc. Giáo hội không nương nhẹ những hoạt động không đúng trong cơ sở thờ tự của Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Ngày 26/3 tới, Giáo hội sẽ tổ chức họp và kiểm điểm những sự việc xảy ra.
Đồng thời, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh cần thực hiện chấn chỉnh việc thuyết giảng tại chùa Ba Vàng, cũng như có hình thức kỷ luật nghiêm khắc đối với các cá nhân nếu để xảy ra sai phạm trong thuyết giảng, gây mê tín, dị đoan.
Ngày 24/3, UBND thành phố Uông Bí (tỉnh Quảng Ninh) cũng đã gửi công văn khẩn số 675/UBND về việc chấp hành danh mục hoạt động tôn giáo năm 2019 đến chùa Ba Vàng. Văn bản của thành phố khẳng định việc phật tử Phạm Thị Yến tuyên truyền giảng pháp đang tiềm ẩn nguy cơ gây mất an ninh trật tự trên địa bàn, gây ra những bất bình trong dư luận nhân dân. Đặc biệt, những hoạt động đó không có trong danh mục những hoạt động tôn giáo năm 2019 đã được đăng ký và được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền chấp thuận. Qua đó, thành phố yêu cầu chùa Ba Vàng phải chấm dứt toàn bộ hoạt động trên.
Chùa Ba Vàng phải sớm có biện pháp chấn chỉnh việc giảng pháp của tăng ni, phật tử trên các phương tiện thông tin đại chúng do Nhà nước quản lý theo đúng Hiến chương Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Nội quy Ban Tăng sự Trung uơng Giáo hội Phật giáo Việt Nam, các quy định của Luật tín ngưỡng tôn giáo và Nghị định số 162/2017/NDD-CP, ngày 30/12/2017 của Chính phủ.