Trên địa bàn tỉnh Phú Yên, tại các lưu vực sông đã có mưa vừa, mưa to. Đến 9 giờ ngày 3/11, mực nước sông Kỳ Lộ đã vượt báo động 3 là 1,21 mét; mực nước tại các sông Ba, Đà Rằng và Bánh Lái thấp hơn báo động 3 từ 0,28 - 1,7 mét.
Do ảnh hưởng mưa lũ, trên địa bàn Phú Yên đã có 2 người mất tích là: chị Trần Thị Vinh, 24 tuổi (thôn Long Uyên, xã An Dân, huyện Tuy An) trong lúc bơi xuồng đi lùa bò đã bị lật xuồng, nước cuốn trôi; một người khác tên Tân (huyện Đồng Xuân) bị lật ca nô, lũ cuốn trôi.
Ngoài ra, trên địa bàn huyện Tuy An do nước từ thượng nguồn đổ về đã gây ngập úng vùng hạ du. Theo đó, các tuyến đường từ thị trấn Chí Thạnh đi bốn xã: An Ninh Tây, An Ninh Đông, An Định và An Nghiệp bị chia cắt; hàng trăm nhà dân bị ngập. Tỉnh lộ 641 từ thị trấn Chí Thạnh đến thị trấn La Hai (huyện Đồng Xuân) ngập sâu trong nước. Tại khu vực thôn Định Trung 2, Định Trung 3 và thôn Phong Niên thuộc xã An Định (huyện Tuy An) nhiều ngôi nhà nước ngập đến mái. Cầu gỗ Bình Thạnh đã bị nước cuốn trôi. Lúc 2 giờ ngày 3/11, chiếc tàu cá công suất 33 CV mang số hiệu PY 31054 TS của ông Phạm Chín ở thôn Phú Lương, xã An Ninh Đông bị chìm khi neo đậu tại cửa Lễ Thịnh.
Trên địa bàn huyện Đồng Xuân, phần lớn các xã, thị trấn cũng bị cô lập hoàn toàn. Sáng 3/11, chiếc ca nô cứu hộ của huyện trong lúc chạy đi cứu hộ qua sông Kỳ Lộ đã bị lật, 5 người trên chiếc ca nô này may mắn thoát chết. Ông Trần Quốc Huy, Trưởng Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Phó trưởng Ban chỉ huy Phòng chống lụt bão huyện Đồng Xuân cho biết, các địa phương đang tiếp tục di dời hàng ngàn hộ dân vùng trũng thấp lên cao an toàn.
Ban chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Phú Yên yêu cầu các địa phương thực hiện các phương án phòng tránh lũ, ngập lụt; kiểm tra, rà soát các khu dân cư ở các vùng ven sông, suối, vùng trũng thấp để có kế hoạch di dời, sơ tán dân và thông báo cho nhân dân biết để phòng tránh. Các đơn vị quản lý hồ chứa nước theo dõi chặt chẽ diễn biến mực nước các hồ chứa để phối hợp vận hành điều tiết, đảm bảo an toàn công trình và hạn chế mức độ ngập lụt hạ du. Bên cạnh đó, bố trí lực lượng ở vùng ngập sâu, nước chảy xiết để bảo vệ dân cư; nghiêm cấm người dân đi lại trong vùng ngập sâu, nước chảy xiết; vớt củi trên các sông suối. Đồng thời, duy trì lực lượng, phương tiện cứu hộ, cứu nạn để sẵn sàng tham gia ứng cứu khi tình huống xấu xảy ra.