Trong khi đó, 7 biên bản gốc kê khai đất đai, tài sản trên diện tích đất công ty đã nộp cho Ban bồi thường giải phóng mặt bằng huyện hiện nay đã "không cánh mà bay". Đây cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc bồi thường đất đai, tài sản trên đất, hỗ trợ tái định cư cho người lao động của doanh nghiệp kéo dài.
Ngày 26/9/2007, UBND tỉnh Đắk Nông có Quyết định số 1267/QĐ-UBND về việc thu hồi 1.195,9 ha đất giao cho Ban quản lý Dự án thủy điện 6 để xây dựng vùng tái định cư dân vùng lòng hồ Đắk Plao của Công trình Thủy điện Đồng Nai 3. Trong đó có 214 ha đất trồng cây cà phê và các loại cây lâu năm của Công ty trách nhiệm hữu hạn (TNHH) Nam Thuận (đóng tại TP Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk).
Diện tích đất này thuộc tiểu khu 1769, địa bàn xã Quảng Khê, huyện Đắk Glong, tỉnh Đắk Nông. Đây là vùng đất doanh nghiệp thực hiện liên doanh liên kết sản xuất với Lâm trường Quảng Khê (nay là Xí nghiệp lâm nghiệp Quảng Khê) từ năm 1998. Công ty TNHH Nam Thuận mới được bồi thường tài sản trên đất 81 ha, diện tích còn lại 133 ha chưa được đền bù.
Từ năm 2008 đến năm 2009, Ban bồi thường giải phóng mặt bằng huyện Đắk Glong (nay là Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đắk Glong) phối hợp với đại diện chủ đầu tư dự án thủy điện, chủ doanh nghiệp cùng các ngành chức năng tiến hành kiểm kê đánh giá tài sản trên đất 133 ha và đã lập 7 biên bản kiểm kê cây trồng, tài sản trên đất. Chủ doanh nghiệp sau đó đã giao tài liệu này cho Ban bồi thường giải phóng mặt bằng huyện Đắk Glong để xem xét có phương án bồi thường đất đai, tài sản trên đất và hỗ trợ tái định cư cho người lao động của doanh nghiệp. Nhưng những biên bản gốc này đã "biến mất" từ đó đến nay.
Ngoài ra, trong năm 2009, Chủ tịch UBND huyện Đắk Glong đã để cho Ban quản lý thủy điện 6 san ủi 133 ha vùng đất canh tác của Công ty TNHH Nam Thuận mà trên đó có những vườn cà phê, cây ăn quả và rừng trồng làm đai rừng chắn gió và che bóng cho cây công nghiệp khi không có sự đồng ý của doanh nghiệp. Khi phát hiện được 133 ha đất của Công ty TNHH Nam Thuận bị san ủi, Tòa án Nhân dân huyện Đắk Glong và Chi cục Thi hành án dân sự huyện Đắk Glong đã có Quyết định thi hành biện pháp khẩn cấp tạm thời với nội dung: “Cấm Ban quản lý dự án thủy điện 6 thực hiện bất kỳ hành vi làm thay đổi hiện trạng sử dụng đất và tài sản trên đất của Công ty TNHH Nam Thuận trong vùng dự án thuộc Tiểu khu 1769 khi chưa được kiểm kê đánh giá tài sản trên đất”. Tuy nhiên, Ban quản lý thủy điện 6 đã phớt lờ mệnh lệnh của các cơ quan chức năng và tiếp tục cho san ủi đất.
Sau đó, Chủ tịch UBND huyện Đắk Glong đã ra Quyết định phê duyệt phương án đền bù khu vực này nhưng không căn cứ vào 7 biên bản nêu trên và không đền bù tài sản trên đất, chỉ hỗ trợ tiền khai hoang. Công ty TNHH Nam Thuận không chấp nhận phương án đền bù và kiện Chủ tịch UBND huyện Đắk Glong ra tòa. Tháng 1/2013, Tòa án nhân dân tỉnh Đắk Nông đã tuyên hủy Quyết định của Chủ tịch UBND huyện Đắk Nông phần đền bù tài sản cho Công ty Nam Thuận do huyện đã làm trái với Nghị định 84/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ.
Hiện nay, khi Công ty TNHH Nam Thuận yêu cầu cung cấp những biên bản về kiểm kê tài sản trên đất của 133 ha, thì được biết những tài liệu này Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đắk Glong (trước đây là Ban bồi thường giải phóng mặt bằng huyện Đắk Glong) không tìm thấy. Ông Nguyễn Văn Thu, Phó Giám đốc Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện Đắk Glong đã xác nhận cơ quan ông chưa nhận được những biên bản về kiểm kê đánh giá tài sản trên đất từ Hội đồng bồi thường giải phóng mặt bằng huyện nên không có hồ sơ cung cấp theo yêu cầu của Công ty TNHH Nam Thuận. Ông Thu còn cho rằng, do trước đây cơ quan không có trụ sở nên việc bảo quản tài liệu gặp nhiều khó khăn.
Trao đổi về vấn đề này, ông Lê Quang Dần, Phó Chủ tịch UBND huyện Đắk Glong cho biết sẽ chỉ đạo làm rõ, nếu cá nhân, tổ chức nào làm thất lạc sẽ phải chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật.
Hiện nay, hiện trạng đất và tài sản trên đất khu vực 133 ha đất của công ty TNHH Nam Thuận đã không còn (do phải xây dựng khu tái định cư cho người dân). Các biên bản kiểm kê tài sản là tài liệu cực kỳ quan trọng có tính quyết định đến việc đền bù cho doanh nghiệp hiện nay cũng đã bị thất lạc. UBND huyện Đắk Glong và các đơn vị liên quan cần nhanh chóng làm rõ việc này. Đồng thời làm rõ có hay không việc cố tình làm “thất lạc” các biên bản kiểm kê tài sản, cơ sở quan trọng nhất để xác định việc bồi thường trong vấn đề này.