Trước đó, khoảng 3 giờ ngày 9/5, người dân xung quanh phát hiện có cháy từ khuôn viên chùa Long Thọ. Trụ trì chùa đã báo cho chính quyền địa phương. Người dân và các lực lượng tại chỗ của xã Hòa Trị đã tích cực tham gia chữa cháy. Xe cứu hỏa cùng hàng chục chiến sĩ phòng cháy, chữa cháy của Công an tỉnh Phú Yên đã được điều động để hỗ trợ.
Do trong chùa có nhiều vật liệu dễ cháy (sách vở, gỗ, bàn ghế nhựa…) nên lửa cháy lan rất nhanh. Đến 7 giờ cùng ngày, ngọn lửa cơ bản được khống chế. Đến khoảng 10 giờ 30 phút, một số vị trí khung gỗ còn than và lửa đã được người dân dập tắt hoàn toàn.
Ông Đinh Công Thạch, Phó Chủ tịch UBND huyện Phú Hòa cho biết: UBND huyện đã báo cáo lên Huyện ủy và chỉ đạo lực lượng Công an khẩn trương khám nghiệm hiện trường, điều tra nguyên nhân của vụ cháy. Hỏa hoạn không gây thiệt hại về người, tuy nhiên đã khiến gian Chính điện, nhà Đông, nhà Tây... bị thiêu rụi hoàn toàn, hiện trường chỉ còn lại các kết cấu bê tông. Chính quyền, các ngành chức năng trong huyện Phú Hòa cử lực lượng tại chỗ của xã Hòa Trị giúp chùa khắc phục hậu quả, tiếp tục duy trì hoạt động tín ngưỡng tạm thời ngay tại khuôn viên.
Chùa Long Thọ được xây dựng từ năm 1963, với tổng diện tích khuôn viên của chùa là hơn 3.000 m2. Trụ trì của chùa là Đại đức Thích Nguyên Đạo. Nhà chùa hiện đang tu sửa, nâng cấp một số hạng mục.