Mực nước lúc 16 giờ chiều 5/9 trên các sông như sau: sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ ở mức 14,41 m (trên báo động 3 là 0,91 m), tại Hòa Duyệt là 10,33 m (dưới báo động 3 là 0,17 m); sông Gianh tại Mai Hoá là 5,89 m (dưới báo động 3 là 0,61 m); sông Kiến Giang tại Lệ Thủy 2,30 m (trên báo động 2 là 0,10 m).
Dự báo trong đêm 5 và ngày 6/9, lũ hạ lưu sông Ngàn Sâu tiếp tục lên, thượng lưu sông Ngàn Sâu và các sông ở Quảng Bình tiếp tục xuống. Cụ thể, đêm 5/9, mực nước trên các sông khả năng như sau: sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ xuống mức 14,25 m, trên báo động 3 là 0,75 m (với tổng lưu lượng xả của thủy điện Hố Hô duy trì ở mức 576 m3/s); tại Hòa Duyệt lên mức 10,6 m, trên báo động 3 là 0,1 m; sông Gianh tại Mai Hóa xuống mức báo động 2; sông Kiến Giang tại Lệ Thủy xuống mức báo động 2.
Đến sáng 6/9, mực nước trên các sông tiếp tục xuống và có khả năng như sau: Sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ xuống mức 13,7 m, trên báo động 3 là 0,2 m; tại Hòa Duyệt xuống mức báo động 3; sông Gianh, sông Kiến Giang còn trên mức báo động 1.
Tình trạng ngập lụt sâu từ 1 - 3 m tiếp tục diễn ra tại Hà Tĩnh, Quảng Bình. Nguy cơ xảy ra sạt lở đất ở vùng núi, sụt lún đất ven sông ở các huyện: Hương Khê, Hương Sơn, Vũ Quang (Hà Tĩnh); Tuyên Hóa, Minh Hóa, Bố Trạch, Quảng Trạch (Quảng Bình); Hướng Hóa, Đăkrông (Quảng Trị).
Cần đề phòng mưa lũ ảnh hưởng đến an toàn các hồ chứa nhỏ trên địa bàn các tỉnh trên. Cảnh báo cấp độ rủi ro thiên tai cấp 1.