Theo thông tin ban đầu, rạng sáng 18/1, tàu cá BT 93998 TS cùng 13 ngư dân đang hành trình về đất liền, khi cách Côn Đảo khoảng 50 hải lý thì bị sóng to đánh chìm, 13 ngư dân rơi xuống biển. Tại thời điểm bị nạn, 6 ngư dân đã được các tàu cá hoạt động gần khu vực đó phát hiện, ứng cứu kịp thời.
Nhận tin báo, tàu SAR 413 của Trung tâm Phối hợp tìm kiếm cứu nạn Hàng hải khu vực 3 cùng tàu của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 đang làm nhiệm vụ ngoài Côn Đảo đã nhanh chóng tiếp cận hiện trường và tổ chức tìm kiếm 7 ngư dân mất tích.
Ngày 19/1, tàu SAR 413 chỉ huy hiện trường cùng tàu CSB 2010 và khoảng 6 tàu cá khác nỗ lực tìm kiếm các ngư dân mất tích. Khu vực tìm kiếm đã được mở rộng ra các vùng biển lân cận hiện trường nơi tàu cá BT 93998 TS bị nạn. Tuy nhiên, thời tiết tại khu vực này rất xấu, sóng biển trên vùng biển Côn Đảo đang cao 5-6 m, gió giật cấp 8 - 9, gây khó khăn cho các phương tiện tham gia tìm kiếm ngư dân tàu cá BT 93998 TS.