Theo Quyết định của Thủ tướng, Ban chỉ đạo quốc gia về phòng chống thiên tai là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành trong phòng ngừa, ứng phó và khắc phục hậu quả thiên tai trên phạm vi cả nước. Ban chỉ đạo được sử dụng con dấu riêng để thực hiện các nhiệm vụ.
Nhiệm vụ, quyền hạn của Ban chỉ đạo: Nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong công tác phòng, chống thiên tai. Giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các địa phương trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về phòng, chống thiên tai.
Giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các địa phương trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành về phòng, chống thiên tai. Thực hiện nhiệm vụ thuộc trách nhiệm của Ban chỉ đạo được quy định cụ thể tại khoản 4 Điều 25 Nghị định số 66/2001/NĐ-CP ngày 7/7/2021 của Chính phủ và nhiệm vụ khác theo phân công của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
Trưởng Ban chỉ đạo là Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành. Phó trưởng Ban thường trực là ông Lê Minh Hoan, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT). Các Phó trưởng Ban khác gồm ông Nguyễn Hoàng Hiệp, Thứ trưởng Bộ NN&PTNT; ông Nguyễn Trọng Bình, Phó Chủ tịch thường trực Ủy ban quốc gia ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn, Phó Tổng tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam; ông Nguyễn Cao Lục, Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; ông Trần Quang Hoài, Tổng cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai và 26 ủy viên.
Khi có sự thay đổi tổ chức bộ máy hoặc thành viên Ban chỉ đạo, Phó Thủ tướng Chính phủ - Trưởng Ban chỉ đạo xem xét, quyết định việc điều chỉnh thành viên Ban chỉ đạo trên cơ sở đề xuất của Bộ NN&PTNT (cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo) và văn bản cử đại diện tham gia Ban chỉ đạo của cơ quan, tổ chức có liên quan.
Căn cứ yêu cầu công tác, Trưởng ban chỉ đạo quyết định mời lãnh đạo của bộ, ngành, địa phương và cơ quan, tổ chức có liên quan tham dự cuộc họp của Ban chỉ đạo và báo cáo những vấn đề cần thiết. Ban chỉ đạo hoạt động theo quy chế do Trưởng Ban chỉ đạo ban hành. Trưởng Ban, Phó Trưởng ban và các ủy viên Ban chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.
Bộ NN&PTNT là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo, có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban chỉ đạo; sử dụng các cơ quan, đơn vị chức năng trực thuộc Bộ để thực hiện nhiệm vụ của cơ quan thường trực Ban chỉ đạo.
Giúp việc Ban chỉ đạo có Văn phòng thường trực Ban chỉ đạo Văn phòng thường trực có con dấu, được cấp kinh phí và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để hoạt động. Văn phòng thường trực sử dụng bộ máy, cơ sở vật chất, trang thiết bị của Tổng cục Phòng, chống thiên tai và được huy động, bổ sung lực lượng, phương tiện từ cơ quan, đơn vị có liên quan để thực hiện nhiệm vụ.
Bộ NN&PTNT chủ động sắp xếp, bố trí nhân lực để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao của Văn phòng thường trực, Tổng cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai kiêm Chánh văn phòng thường trực Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai. Phó Trưởng ban thường trực, Bộ trưởng Bộ NN&PTNT quy định nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức và Quy chế hoạt động của Văn phòng thường trực. Cơ quan có thành viên tham gia Ban chỉ đạo sử dụng bộ máy của mình giúp thành viên Ban chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ được giao theo phân công của Trưởng ban, phân công 1 cơ quan, đơn vị trực thuộc làm đầu mối liên hệ với Văn phòng thường trực Ban chỉ đạo.
Kinh phí hoạt động hàng năm của Ban chỉ đạo do ngân sách nhà nước bảo đảm, được bố trí trong dự toán ngân sách nhà nước hàng năm của Bộ NN&PTNT phù hợp với khả năng cân đối của ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước; các khoản hỗ trợ, viện trợ trực tiếp cho Ban chỉ đạo và các nguồn kinh phí khác theo quy định của pháp luật.
Nội dung chi, mức chi, việc lập, phân bổ, chấp hành và quyết toán kinh phí phục vụ hoạt động của Ban chỉ đạo thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và các quy định hiện hành có liên quan. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 460/QĐ-TTg ngày 25/4/2019 của Thủ tướng Chính phủ về việc kiện toàn Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai.