Theo trình báo của ngư dân Võ Trọng Lưu (44 tuổi, phường Xuân Thành, thị xã Sông Cầu, tỉnh Phú Yên), chiều ngày 9/4, tàu cá mang số hiệu PY 40087 - TS (dài 12,9 m, công suất 45 CV) do ông Lưu làm chủ tàu kiêm thuyền trưởng cùng hai ngư dân xuất phát từ cảng cá Vạn Phước (phường Xuân Thành, thị xã Sông Cầu) di chuyển ra vùng biển tỉnh Bình Định để đánh bắt hải sản. Đến khoảng 6 giờ sáng 10/4, khi tàu PY 40087 - TS đang đánh bắt trên vùng biển Quy Nhơn thì bị một tàu hàng đâm mạnh vào đuôi tàu. Tàu cá của ngư dân chìm ngay sau đó. Rất may 3 người trên tàu PY 40087 - TS đã kịp nhảy xuống biển thoát thân. Lúc này, tàu cá mang số hiệu PY 3572 - TS của ông Phạm Văn Hòa (trú tại thị xã Sông Cầu, tỉnh Phú Yên) đang đánh bắt gần đó chạy tới ứng cứu, vớt 3 ngư dân lên tàu.
Sau khi được cứu vào bờ, chủ tàu cá gặp nạn đã đến các ngành chức năng tỉnh Phú Yên để trình báo vụ việc, khai báo nhận dạng tàu hàng đâm chìm tàu cá. Tiếp đó, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Phú Yên đã gửi báo cáo vụ việc cho Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Bình Định phối hợp hỗ trợ điều tra.
Thông qua lịch trình ra vào Cảng Quy Nhơn, Bộ đội Biên phòng tỉnh Bình Định phát hiện tàu biển có tên Pacific Express Sai Gon IMO 9167851 (quốc tịch Việt Nam) cập cảng Quy Nhơn lúc 11 giờ trưa 24/4 có đặc điểm nhận dạng giống như lời kể của các chủ tàu và ngư dân bị nạn. Đồn Biên phòng cửa Khẩu cảng Quy Nhơn phối hợp với Cảng vụ Hàng hải Quy Nhơn kiểm tra nhật ký hàng hải, kế hoạch hành trình của tàu Pacific Express Sai Gon IMO 9167851, đồng thời cho chủ tàu cá nhận dạng. Kết quả nhật ký, kế hoạch hành trình trùng khớp với thời gian, địa điểm tàu cá PY 40087 - TS bị chìm.
Chủ tàu cá cũng xác định chính tàu hàng Pacific Express đã đâm chìm tàu của mình. Cơ quan chức năng cũng đã phát hiện một vài vết xước và vết sơn xanh của tàu cá ngư dân ở mạn tàu hàng. Sau đó, thuyền trưởng tàu Pacific Express Sai Gon, Bùi Tiến Dũng đã ký biên bản xác nhận đã va quệt với tàu cá PY 40087 - TS dẫn đến tàu này bị chìm. Tuy nhiên, ông Bùi Tiến Dũng cho rằng không hề biết có va quệt dẫn đến chìm tàu cá nên vẫn tiếp tục hành trình vào Cảng Quy Nhơn mà không dừng lại ứng cứu ngư dân bị nạn.
Hiện Công ty Trách nhiệm hữu hạn MTV Vận tải biển Gemadept - chủ tàu hàng Pacific Express đã ủy quyền cho Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Tiếp vận Quốc tế phối hợp với các cơ quan chức năng để giải quyết, bồi thường thiệt hại cho ngư dân.