Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ là đơn vị sự nghiệp thuộc Sở Y tế, tự chủ chi thường xuyên nhóm 2 theo Nghị định số 60/2021/NĐ-CP. Hiện bệnh viện có 36 khoa, phòng, trong đó còn 10 khoa, phòng chưa được kiện toàn lãnh đạo. Nguyên nhân là do các Trưởng khoa, phòng nêu trên nghỉ việc, nghỉ hưu, hiện Bệnh viện đang rà soát, kiện toàn các chức danh còn thiếu.
Thời gian qua, bác sĩ chuyên khoa II Trần Quốc Luận, Giám đốc Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ xin nghỉ để điều trị bệnh và được cơ quan có thẩm quyền đồng ý. Lần 1 trong thời gian 6 tháng (từ ngày 1/6/2023 - 30/11/2023), lần 2 trong thời gian 3 tháng (từ ngày 1/12/2023 - 29/2/2024). Trong thời gian Giám đốc nghỉ, Bác sĩ chuyên khoa II Huỳnh Minh Phú, Phó Giám đốc Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ được phân công phụ trách, điều hành bệnh viện. Thời gian này, bệnh viện dồn lực cho việc đấu thầu mua sắm thuốc, hóa chất, vật tư trang thiết bị, giải quyết các vấn đề tồn đọng liên quan đến thuê dịch vụ phục vụ hoạt động bệnh viện (vệ sinh, bảo vệ, căn-tin,…), do đó chưa thực hiện công tác cán bộ đối với các vị trí cấp Trưởng khoa, phòng còn thiếu nhân sự.
Lãnh đạo Sở Y tế Cần Thơ đã có các buổi làm việc vào ngày 20/9/2023 và ngày 2/1/2024 với Ban Giám đốc và lãnh đạo các khoa, phòng thuộc Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ, trong đó chú trọng chỉ đạo tập trung kiện toàn các chức danh lãnh đạo quản lý các khoa, phòng còn thiếu.
Ngày 31/1/2024, Sở Y tế Cần Thơ đã có Công văn số 516/SYT-VP về việc thực hiện quy trình công tác cán bộ đối với công chức, viên chức lãnh đạo, quản lý. Theo đó, Sở Y tế phân cấp Thủ trưởng đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở quyết định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, điều động, luân chuyển, thôi giữ chức vụ, miễn nhiệm đối với các chức danh Trưởng Phó khoa, phòng. Như vậy, thẩm quyền quyết định nhân sự lãnh đạo cấp khoa, phòng thuộc về Thủ trưởng các đơn vị.
Ngày 22/2/2024, Sở Y tế tiếp tục có Công văn số 755/SYT-VP về việc công tác nhân sự Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ, Sở Y tế giao Giám đốc Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ kiện toàn các chức danh lãnh đạo, quản lý khoa, phòng hoàn thiện chậm nhất đến quý II năm 2024 và báo cáo kết quả thực hiện về Sở Y tế để theo dõi.
Các khoa, phòng hiện còn thiếu cấp Trưởng của Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ gồm: Phòng Kế hoạch tổng hợp, Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Hành chính quản trị, Phòng Vật tư thiết bị y tế, Phòng Chỉ đạo tuyến - Đào tạo, Phòng Công tác xã hội; Khoa Mắt, Khoa Dinh dưỡng, Khoa Ngoại Thần kinh, Khoa Nội Thần kinh - Cơ xương khớp.