Tổ thường trực đặc biệt chống dịch COVID-19 của Bộ Y tế tại TP Hồ Chí Minh do Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Trường Sơn được Bộ Y tế làm Tổ trưởng. Tổ phó là GS-TS Phan Trọng Lân, Viện trưởng Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh.
Các thành viên Tổ thường trực đặc biệt là giám đốc các bệnh viện, viện, trường đại học lớn tại TP Hồ Chí Minh như Bệnh viện Thống Nhất, trường Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh, Viện Y tế công cộng TP Hồ Chí Minh, Viện Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng TP Hồ Chí Minh.
Tổ thường trực đặc biệt phòng chống dịch COVID-19 của Bộ Y tế tại TP Hồ Chí Minh có nhiệm vụ hỗ trợ địa phương trong công tác sàng lọc, điều trị, xét nghiệm COVID-19.
Tổ thường trực đặc biệt chống COVID-19 có nhiệm vụ chỉ đạo triển khai các hoạt động chuyên môn kỹ thuật trong việc giám sát, đáp ứng chống dịch, điều trị bệnh nhân, công tác truyền thông trên địa bàn TP Hồ Chí Minh và các địa phương lân cận có liên quan; kiểm tra, hỗ trợ địa phương trong việc tổ chức triển khai các hoạt động phòng, chống dịch COVID-19 theo chỉ đạo của Ban Bí thư, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Ban Chỉ đạo Quốc gia và các chỉ đạo, hướng dẫn chuyên môn của Bộ Y tế.
Tổ trưởng Tổ thường trực đặc biệt tham gia các cuộc họp Ban Chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 của TP Hồ Chí Minh; tổ thường trực đặc biệt phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 TP Hồ Chí Minh tổ chức triển khai các hoạt động liên quan. Định kỳ hằng ngày hoặc đột xuất báo cáo công tác phòng, chống dịch triển khai trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh về Bộ Y tế.
Đội hỗ trợ chuyên môn kỹ thuật trong Tổ thường trực đặc biệt phòng chống dịch COVID-19 gồm các đội: Đội điều tra giám sát dịch có nhiệm vụ tổ chức điều tra các trường hợp bệnh, xử lý ổ dịch; khoanh vùng kiểm soát, lập danh sách, thực hiện cách ly, theo dõi chặt chẽ tình hình sức khỏe các trường hợp tiếp xúc gần với các trường hợp bệnh đã xác định hoặc trường hợp nghi ngờ mắc bệnh; tổ chức kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc triển khai các biện pháp phòng, chống dịch tại địa bàn…
Đội Điều trị có nhiệm vụ hỗ trợ, hướng dẫn việc tổ chức triển khai các hoạt động cách ly, chăm sóc, điều trị bệnh nhân trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh: tổ chức khám, sàng lọc, phân loại, thu dung, cách ly, chăm sóc điều trị các trường hợp bệnh đã xác định và các trường hợp nghi ngờ mắc bệnh; triển khai các biện pháp phòng, chống nhiễm khuẩn tại các cơ sở điều trị; tổ chức kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc triển khai tại các cơ sở y tế.
Đội Xét nghiệm có nhiệm vụ tổ chức lấy mẫu, bảo quản, vận chuyển mẫu bệnh phẩm; triển khai các hoạt động xét nghiệm chẩn đoán phát hiện nhiệm SARS-CoV-2 theo đúng qui trình kỹ thuật, đảm bảo công tác an toàn sinh học…