Đại hội tiếp tục dành nhiều thời gian để các đại biểu tập trung thảo luận, đóng góp ý kiến vào dự thảo văn kiện của Quân ủy Trung ương và dự thảo văn kiện trình Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng. Bên cạnh đó, một trong những nội dung làm việc quan trọng tại Đại hội trong ngày 29/9 là bầu Đoàn đại biểu tham dự Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng.
Các tham luận, ý kiến phát biểu tại Đại hội đã thể hiện sự đầu tư nghiên cứu, đảm bảo chủ đề, đưa ra cơ sở lý luận và thực tiễn tốt, có số liệu so sánh, tiếp cận những vấn đề trọng tâm, trọng điểm, điểm mới của dự thảo văn kiện. Các ý kiến đều khẳng định, các văn kiện của Quân ủy Trung ương trình Đại hội được chuẩn bị công phu, chặt chẽ, có chất lượng cao theo đúng tinh thần Chỉ thị số 35-CT/TW, ngày 30/5/2019 của Bộ Chính trị về đại hội đảng bộ các cấp tiến tới Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng và các văn bản, hướng dẫn của Trung ương.
Báo cáo Chính trị đã phản ánh toàn diện những thành tựu và kết quả nổi bật; chỉ rõ hạn chế, khuyết điểm, nguyên nhân, rút ra bài học kinh nghiệm; quán triệt các quan điểm trong văn kiện của Trung ương trình Đại hội Đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng và bám sát thực tiễn Quân đội để xác định phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ, giải pháp nhiệm kỳ tới.
Các ý kiến đều cơ bản tán thành, thể hiện sự nhất trí cao với Dự thảo các văn kiện trình Đại hội lần thứ XIII của Đảng và thống nhất đánh giá: Dự thảo các Báo cáo được xây dựng công phu và tiếp thu các ý kiến đóng góp hợp lý, kết tinh trí tuệ, ý chí, khát vọng của toàn Đảng, toàn dân và toàn quân; bố cục chặt chẽ, khoa học; nội dung có tầm chiến lược, khái quát cao, có cơ sở lý luận và thực tiễn, phù hợp với tình hình quốc tế và trong nước. Các nhận định, đánh giá tổng quát đã làm nổi bật nỗ lực phấn đấu của toàn Đảng, toàn dân, toàn quân vượt qua những khó khăn, thách thức thực hiện thắng lợi các mục tiêu, nhiệm vụ trọng tâm, đạt được nhiều thành tựu quan trọng có ý nghĩa lịch sử, tạo nhiều dấu ấn nổi bật đưa đất nước phát triển nhanh, bền vững theo con đường xã hội chủ nghĩa.
Về đánh giá tổng quát thực hiện Nghị quyết Đại hội XII và diện mạo đất nước qua 35 năm đổi mới, các ý kiến đều nhất trí với đánh giá của Trung ương về kết quả thực hiện Nghị quyết nhiệm kỳ Đại hội XII, 10 năm thực hiện Cương lĩnh (bổ sung, phát triển năm 2011), Chiến lược phát triển kinh tế - xã hội 10 năm; 30 năm thực hiện Cương lĩnh năm 1991, 35 năm thực hiện công cuộc đổi mới: Những thành tựu to lớn và có ý nghĩa lịch sử là sản phẩm kết tinh sức sáng tạo, trí tuệ, bản lĩnh của Đảng và nhân dân ta; con đường đi lên chủ nghĩa xã hội của nước ta là phù hợp với thực tiễn Việt Nam và xu thế phát triển của thời đại; khẳng định sự lãnh đạo đúng đắn của Đảng là nhân tố hàng đầu quyết định thắng lợi của cách mạng Việt Nam.
Về tăng cường quốc phòng, an ninh, bảo vệ vững chắc Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa, các ý kiến tập trung phân tích tác động, ảnh hưởng của tình hình thế giới, khu vực, trong nước những năm qua đến việc tăng cường quốc phòng, an ninh, bảo vệ vững chắc Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa; nhất trí cao về những kết quả nổi bật đã đạt được. Đó là: Sự quan tâm của Đảng, Nhà nước đối với xây dựng Quân đội, nâng cao sức mạnh và tiềm lực quốc phòng, an ninh của đất nước và của khu vực phòng thủ các cấp; hoàn thiện các luật, pháp lệnh, chiến lược về quốc phòng, an ninh; kiên quyết, kiên trì đấu tranh bảo vệ vững chắc độc lập, chủ quyền, thống nhất, toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc…
Đại hội đã bầu Đoàn Đại biểu Đảng bộ Quân đội tham dự Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng, trong đó bầu 43 đại biểu chính thức và 3 đại biểu dự khuyết.
Ngày 30/9, Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân đội lần thứ XI, nhiệm kỳ 2020-2025 tiến hành phiên bế mạc.