Phát huy dân chủ, tập trung trí tuệ, Đại hội đã thảo luận, tham gia nhiều ý kiến thiết thực, tâm huyết và thống nhất thông qua các văn kiện quan trọng trình Đại hội với những mục tiêu, nhiệm vụ giải pháp giai đoạn 2020-2025.
Theo đó, Đảng bộ tỉnh Kon Tum đặt mục tiêu tiếp tục xây dựng Đảng bộ, hệ thống chính trị trong sạch vững mạnh; nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của Đảng bộ và hiệu lực, hiệu quả quản lý, điều hành của chính quyền; tăng cường đổi mới nội dung, phương thức hoạt động của Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị-xã hội; củng cố niềm tin của nhân dân và phát huy sức mạnh của khối đại đoàn kết các dân tộc.
Tỉnh tăng cường ứng dụng khoa học, công nghệ và đẩy mạnh đổi mới sáng tạo; huy động, khai thác và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực, tiềm năng, lợi thế của tỉnh. Kon Tum tập trung phát triển dược liệu, nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; đầu tư phát triển đô thị, du lịch, dịch vụ và tăng cường cải cách hành chính; bảo đảm duy trì tốc độ tăng trưởng kinh tế ở mức cao. Đồng thời, tỉnh nâng cao chất lượng nguồn nhân lực và mức sống của nhân dân; bảo tồn và phát huy giá trị bản sắc văn hóa truyền thống của các dân tộc thiểu số trên địa bàn; giữ vững ổn định quốc phòng, an ninh; đưa tỉnh Kon Tum phát triển nhanh và bền vững.
Phát biểu bế mạc đại hội, Bí thư Tỉnh ủy Kon Tum Dương Văn Trang khẳng định: “Các văn kiện được thông qua tại Đại hội là sự tổng kết thực tiễn quan trọng và kiểm điểm sâu sắc những thành quả đạt được của Đảng bộ, chính quyền và nhân dân các dân tộc trong tỉnh qua 5 năm triển khai thực hiện Nghị quyết Đại hội XV Đảng bộ tỉnh và chủ trương, nghị quyết trên các lĩnh vực. Nghị quyết được nhất trí thông qua là công trình tập thể, được kết tinh bằng ý chí, nguyện vọng và quyết tâm của toàn Đảng bộ, quân và dân trong tỉnh".
Để thực hiện được mục tiêu trên, Đảng bộ tỉnh Kon Tum xác định nhiệm vụ trọng tâm: Tăng cường xây dựng, chỉnh đốn Đảng; xây dựng Đảng bộ và hệ thống chính trị trong sạch, vững mạnh; tiếp tục tái cơ cấu đồng bộ kinh tế của tỉnh theo hướng nâng cao năng suất, chất lượng, hiệu quả và sức cạnh tranh; thực hiện đầy đủ, đồng bộ 3 chương trình mục tiêu quốc gia; tập trung bảo tồn và phát huy giá trị bản sắc văn hóa các dân tộc thiểu số trên địa bàn; đẩy mạnh cải cách hành chính; cải thiện môi trường đầu tư kinh doanh, nâng cao chỉ số năng lực cạnh tranh cấp tỉnh; tăng cường tiềm lực quốc phòng, an ninh; đảm bảo an ninh chính trị, an ninh biên giới, trật tự an toàn xã hội.
Đảng bộ tỉnh Kon Tum cũng đưa ra các chỉ tiêu cụ thể là tốc độ tăng trưởng GRDP bình quân giai đoạn 2020-2025 từ 10%/năm trở lên; tỷ lệ hộ nghèo giảm bình quân 3-4%/năm; 4 huyện và thành phố Kon Tum đạt chuẩn nông thôn mới hoặc hoàn thành nhiệm vụ xây dựng nông thôn mới. Ngoài ra, đến năm 2025, Kon Tum kết nạp trên 5.000 đảng viên mới. Tỷ lệ tổ chức cơ sở đảng hoàn thành tốt nhiệm vụ trở lên hằng năm đạt trên 75%; trên 76% quần chúng được tập hợp vào các đoàn thể chính trị-xã hội…
Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Kon Tum lần thứ XVI đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh khóa XVI gồm 50 đồng chí, trong đó người dân tộc thiểu số chiếm gần 35%; cán bộ nữ gần 16% và có hơn 10% đồng chí dưới 40 tuổi.
Tại hội nghị lần thứ nhất, Ban Chấp hành đã bầu 15 đồng chí vào Ban Thường vụ Tỉnh ủy; bầu đồng chí Dương Văn Trang, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Tỉnh ủy khóa XV tái cử giữ chức Bí thư Tỉnh ủy khóa XVI; các đồng chí Nguyễn Văn Hòa, A Pớt, Lê Ngọc Tuấn giữ chức Phó Bí thư Tỉnh ủy; Hội nghị đã bầu 10 đồng chí vào Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy, bầu đồng chí Y Thị Bích Thọ giữ chức Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy.
Đại hội đã tiến hành bầu 17 đồng chí Đoàn đại biểu đi dự Đại hội XIII của Đảng, trong đó có 2 đồng chí là đại biểu dự khuyết.