Ông al-Bashir sinh năm 1944 trong một gia đình nông dân tại Vương quốc Ai Cập và Sudan dưới thời cai trị của đế quốc Anh. Sau khi hoàn thành cấp trung học cơ sở, ông nhập học tại học viện quân sự quốc gia danh giá ở Cairo, sau đó là Khartoum. Năm 1966, ông Bashir tốt nghiệp.
Trong cuộc chiến tranh Arab-Israel tháng 10/1973, ông Bashir phục vụ cho quân đội Ai Cập. Sau đó ông Bashir được cử ra nước ngoài làm tùy viên quân sự. Tiếp đó, ông Bashir trở về tham gia cuộc nội chiến tại Nam Sudan chống lại lực lượng mang tên quân đội giải phóng nhân dân Sudan.
Năm 1989, ông Bashir dẫn đầu nhóm các tướng lĩnh quân đội tiến hành cuộc đảo chính lật đổ chính quyền của Thủ tướng khi đó Sadiq al-Mahdi.
Tờ Guardian (Anh) cho biết thời điểm đó ông Bashir xuất hiện tại cuộc tuần hành với một tay lăm lăm khẩu AK-47, tay còn lại là cuốn kinh Qur’an và cam kết “thanh trừng kẻ thù của nhân dân và lực lượng vũ trang”.
Sudan nhanh chóng trở thành trung tâm “cách mạng” và cấp tiến đạo Hồi. Sudan còn tổ chức nhiều hội nghị bài phương Tây với sự góp mặt của trùm khủng bố quốc tế Osama bin Laden. Điều này khiến nhiều quốc gia phương Tây xa lánh Sudan.
Tuy nhiên, ông Bashir cũng thể hiện sự khác biệt khi tạo điều kiện cho cơ quan mật vụ Pháp bắt tên khủng bố Carlos “chó rừng” trong năm 1994. Bin Laden bị buộc phải rời Sudan 2 năm sau đó.
Giá dầu tăng khiến tình hình kinh tế tại Sudan bình ổn nhưng đến năm 2000, ông Bashir phải chịu nhiều áp lực từ quốc tế để chấm dứt cuộc nội chiến ở miền Nam khiến gần 2 triệu người thiệt mạng.
Sau nhiều cuộc đàm phán, Tổng thống Bashir và lãnh đạo phe nổi dậy John Garang ký hiệp định hòa bình tại Nairobi vào tháng 1/2005. Theo đó, Nam Sudan được tự trị và trưng cầu ý dân về độc lập trong 6 năm.
Nhưng tình hình tại Sudan không yên ả hơn khi lại xảy ra xung đột ở Darfur ở phía Tây quốc gia này. Liên hợp quốc ước tính có khoảng 200.000 -400.000 người thiệt mạng trong giao tranh, bên cạnh đó là 2,7 triệu người mất nhà cửa.
Năm 2009, tòa án hình sự quốc tế buộc tội Tổng thống Bashir diệt chủng, tội ác chống lại loài người và chịu trách nhiệm về những hoạt động của đội quân Janjaweed. Tổng thống Bashir hoàn toàn phủ nhận cáo buộc này.
Hai năm sau, Nam Sudan thành lập sau cuộc trưng cầu ý dân và quản lý 75% tài nguyên dầu mỏ trên lãnh thổ. Khi này, nền kinh tế Sudan vốn chịu nhiều giới hạn do lệnh trừng phạt hơn một thập niên của Mỹ đã bị tác động mạnh.
Nhiều nhà phân tích cho rằng đây là bước khởi đầu cho sự kết thúc đối với ông Bashir. Nhà lãnh đạo Sudan đã cố gắng xử lý khủng hoảng kinh tế bằng việc xây dựng mối quan hệ ngoại giao nồng ấm với Trung Quốc, Mỹ và các quốc gia Vùng Vịnh. Mặc dù điều này giúp nới lỏng lệnh trừng phạt và thu về thêm tiền ủng hộ mới nhưng không thể giải quyết khủng hoảng.
Kể từ năm 2012, đã có nhiều bất ổn tại Sudan và bất đồng trong nội bộ quan chức, đặc biệt là giới quân sự. Đây chính là lực lượng đã khiến Tổng thống Bashir phải rời nhiệm sở sau 30 năm.