Tuy nhiên đã nảy sinh nhiều tranh cãi cho rằng dữ liệu mà chính phủ Israel công bố chỉ là phần nổi nhỏ bé của tảng băng chìm khổng lồ. Đã có 210.000 trang tài liệu mật được công bố liên quan tới vụ việc được gọi là “Những đứa trẻ người Yemen” này.
Trong thập niên 1950, hơn 1.000 gia đình (hầu hết là công dân gốc Yemen, Trung Đông, Bắc Phi và thậm chí các nước Balkan) đã trình báo cơ quan chức năng về việc những đứa con sơ sinh của họ bị bắt cóc từ những bệnh viện Israel để cho nhận nuôi. Theo RT, đã có từ 1.000-5.000 trẻ sơ sinh mất tích trong hai thập niên 1940 và 1950 của thế kỷ trước.
Sau nỗ lực điều tra mới nhất vào năm 2001, kết luận được đưa ra là những đứa trẻ đã tử vong và được bệnh viện chôn cất nhưng chưa thông báo với gia đình.
Thủ tướng Benjamin Netanyahu đã chỉ định Bộ trưởng hợp tác khu vực của Israel, ông Tzachi Hanegbi dẫn đầu cuộc điều tra về vụ vệc. Ông Hanegbi được tạo điều kiện tiếp cận với số lời khai và bằng chứng thu thập được trong 70 năm qua.
Ngày 28/12/2016, một sự kiện đã được tổ chức tại văn phòng của Thủ tướng Netanyahu để thông báo về vụ việc. Tờ Times of Israel dẫn lời Thủ tướng Netanyahu nhấn mạnh: “Giờ đây chúng ta phải sửa chữa những sai lầm của quá khứ”.
Theo đó, nguyên nhân dẫn đến sự mất tích bí ẩn là hầu hết thi thể của những đứa trẻ không bao giờ được trao cho cha mẹ. Thông tin về nơi chôn cất cũng không được thông báo, thêm vào đó là lỗi của chính quyền đã gây ra nhiều bối rối cho các gia đình thất lạc con, dẫn đến nhiều giả thiết phát sinh. Một số gia đình thập chí còn nhận được giấy gọi con cái họ nhập ngũ, 18 năm sau khi những đứa trẻ mất tích.
Đã xuất hiện các ý kiến cho rằng vẫn còn rất nhiều dữ liệu chưa được chính phủ Israel công bố. Bà Nurit Koren, nhân vật thuộc đảng Likud của Thủ tướng Netanyahu, chia sẻ với truyền thông rằng đã có 400.000 tài liệu thu được qua các cuộc điều tra.
Bà Koren cũng chỉ ra rằng các tài liệu được công bố chỉ nằm trong thời kỳ từ 1948-1954 trong khi có nhiều bằng chứng cho thấy trường hợp mất tích trẻ sơ sinh còn tiếp diễn đến thập niên 60.
Trong khi đó, trang mạng Ynetnews đã ghi nhận phản ứng của thân nhân những đứa trẻ mất tích về thông báo từ chính phủ Israel. Ông Yaakov Ben Aba, người đã mất 5 anh chị em trong những năm từ 1944-1953 thẳng thừng nói: “Không có gì đột phá cả”. Nhiều người khác lại cho rằng chính phủ vẫn còn “che giấu”.
Một vài người còn chỉ ra sự thiếu chính xác trong số tài liệu được công bố về thời điểm qua đời hoặc căn bệnh mà người thân của họ được bệnh viện xác nhận. Nhiều người đã bày tỏ thiếu tin tưởng với chính phủ và cam kết tiếp tục theo đuổi công cuộc tìm ra sự thật với hy vọng rằng người thân của họ còn sống và viễn cảnh họ sẽ được trùng phùng.