Về việc giao quản lý, sử dụng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, Phó Thủ tướng giao Bộ Giao thông Vận tải chủ trì, thống nhất với Bộ Tài chính, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp và các cơ quan liên quan, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Đối với việc giao dự toán bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, Bộ Giao thông Vận tải khẩn trương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan trình Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ, cơ quan có thẩm quyền xem xét, quyết định.
Trong thời gian Đề án chưa được phê duyệt, Bộ Giao thông Vận tải chịu trách nhiệm toàn diện về việc quản lý, sử dụng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư; chỉ đạo các cơ quan, đơn vị liên quan duy trì hoạt động bảo trì thường xuyên, liên tục, bảo đảm hoạt động giao thông vận tải đường sắt thông suốt, trật tự, an toàn, chính xác và hiệu quả, theo đúng quy định pháp luật.