Diện tích nuôi này tập trung chủ yếu ở huyện vùng Đồng Tháp Mười như Tân Thạnh, Tân Hưng, Vĩnh Hưng, Thạnh Hóa. Tuy nhiên, vì một số nguyên nhân mà nhiều hộ ương cá bị lỗ vốn từ 50 - 130 triệu đồng/ha/vụ.
Theo ông Nguyễn Thanh Truyền, nguyên nhân dẫn đến nông dân thua lỗ do chất lượng con giống không đảm bảo. Người nông dân thiếu kiến thức, kỹ thuật ương nuôi cá. Trong quá trình ương, người dân học tập kinh nghiệm lẫn nhau, theo sự hướng dẫn của đội ngũ tiếp thị các công ty thức ăn, thuốc thủy sản, không theo khuyến cáo của ngành chuyên môn. Người nuôi chưa hiểu về mùa vụ sản xuất, chất lượng con giống, cách kiểm tra số lượng con giống.
Ngoài ra, không có ao xử lý nước thải trước khi thải ra bên ngoài, thiếu hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản mà sử dụng chung hệ thống thủy lợi của sản xuất lúa. Nước thải được xả trực tiếp ra kênh, nguy cơ gây ô nhiễm môi trường và lây lan mầm bệnh rất cao.
Trước thực trạng trên, tỉnh Long An tăng cường quản lý hoạt động ương cá tra giống, rà soát vùng nuôi để có đầu tư xây dựng mô hình ương cá bột ứng dụng công nghệ cao (ương 2 giai đoạn, sử dụng chế phẩm sinh học cải tạo môi trường nuôi,…), tổ chức các lớp tập huấn về kỹ thuật nuôi thủy sản cho nông dân nhằm giảm thiểu rủi ro trong sản xuất và bảo vệ môi trường. Tỉnh tổ chức giám sát chất lượng môi trường nước, dự báo diễn biến môi trường cũng như dịch bệnh có thể phát sinh, từ đó, có giải pháp xử lý kịp thời khi có sự cố xảy ra.
Bên cạnh đó, Long An quản lý chặt chẽ nguồn vật tư hóa chất cung ứng trên thị trường phục vụ cho nuôi trồng thủy sản theo quy định của Nhà nước, đồng thời, củng cố liên kết với các doanh nghiệp để tìm đầu ra cho cá tra, giúp nông dân yên tâm trong canh tác cá tra bột.
Theo thống kê của ngành nông nghiệp, năng suất ương cá tra bột trên địa bàn Long An trung bình đạt 10 tấn/ha/vụ. Giá bán dao động ở mức từ 45.000 - 47.000 đồng/kg đối với loại cá cỡ 30 - 40 con/kg. Lợi nhuận trung bình đạt 200 triệu đồng/vụ và có khoảng 25 số hộ ương cá tra bột giống có lãi từ 200 - 300 triệu đồng.