Nghị định này quy định nguyên tắc, phương pháp, trình tự, thủ tục xác định giá giao dịch liên kết; nghĩa vụ của người nộp thuế trong kê khai, xác định giá của giao dịch liên kết và kê khai nộp thuế; trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong quản lý, kiểm tra, thanh tra thuế đối với người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết.
Theo đó, người nộp thuế có giao dịch liên kết phải thực hiện kê khai các giao dịch liên kết; loại trừ các yếu tố làm giảm nghĩa vụ thuế do quan hệ liên kết chi phối, tác động để xác định nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch liên kết tương đương với các giao dịch độc lập có cùng điều kiện.
Cơ quan thuế thực hiện quản lý, kiểm tra, thanh tra đối với các giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất quyết định hình thức để không công nhận các giao dịch liên kết làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp với ngân sách nhà nước và thực hiện điều chỉnh giá giao dịch liên kết để xác định đúng nghĩa vụ thuế quy định tại Nghị định này.
Nguyên tắc giao dịch độc lập được áp dụng theo nguyên tắc giao dịch giữa các bên độc lập, không có quan hệ liên kết tại các Hiệp định thuế có hiệu lực thi hành tại Việt Nam.
Các bên có quan hệ liên kết (bên liên kết) là các bên có mối quan hệ thuộc một trong các trường hợp: Một bên tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào việc điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư vào bên kia; các bên trực tiếp hay gián tiếp cùng chịu sự điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư của một bên khác.
Các bên liên kết nêu trên được quy định cụ thể như sau: Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia; cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp; một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia, nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng số cổ phần của doanh nghiệp kia; một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào (bao gồm cả các khoản vay từ bên thứ ba được đảm bảo từ nguồn tài chính của bên liên kết và các giao dịch tài chính có bản chất tương tự) với điều kiện vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay...