Theo đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam yêu cầu Tổng công ty xây dựng số 1 (nhà đầu tư dự án) có trách nhiệm kiểm tra, giám sát việc thu phí, không để xảy ra hiện tượng tiêu cực trong quá trình chuẩn bị dừng thu tại trạm. Nhà đầu tư tiêp tục thực hiện việc quản lý, bảo trì công trình đảm bảo tuyến đường được vận hành thông suốt, an toàn đến thời điểm bàn giao.
Đối với chủ phương tiện đã mua vé tháng, quỹ còn thời hạn, Tổng cục Đường bộ Việt Nam yêu cầu nhà đầu tư tính toán số tiền còn lại để hoàn trả cho khách hàng. Song song đó, lập hồ sơ quyết toán số tiền đã hoàn trả cho khách hàng để xác định chính xác số thu tiền dịch vụ sử dụng đường bộ tháng 8/2020.
Ông Nguyễn Xuân Cường, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Đường bộ Việt Nam cho hay, quyết định trên được đưa ra dựa trên cơ sở số liệu dòng tiền đầu vào tạm tính của dự án. Theo đó, đến nay dự án cơ bản được hoàn vốn.
Dự án trạm thu phí cầu Đồng Nai từng được Kiểm toán Nhà nước kiến nghị giảm thời gian thu phí từ 7 năm 8 tháng 16 ngày, thay vì 18 năm 4 tháng 10 ngày như trong hợp đồng. Nguyên nhân, nhà đầu tư tính sai lưu lượng xe và xác định sai tổng mức đầu tư.
Dự án BOT cầu Đồng Nai mới gồm các hạng mục nút giao Tân Vạn, cầu Đồng Nai mới, nút giao Vũng Tàu, nâng cấp cầu Đồng Nai cũ và đường gom kết nối vào dự án. Dự án được khởi công vào tháng 6/2008 với tổng mức đầu tư hơn 1.870 tỷ đồng.