Theo Quyết định, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Chủ tịch Hội đồng. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Ủy viên Hội đồng là lãnh đạo các bộ, ngành, địa phương: Giao thông Vận tải; Tài chính; Xây dựng; Công an, Quốc phòng; Tư pháp, Tài nguyên và Môi trường; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; UBND tỉnh Đồng Nai; UBND tỉnh Lâm Đồng. Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định.
Hội đồng thẩm định liên ngành có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án theo quy định; rà soát, xem xét toàn diện cơ quan có thẩm quyền tổ chức thực hiện Dự án theo đúng quy định pháp luật; xem xét, quyết định các vấn đề về nội dung, kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án; yêu cầu cơ quan có thẩm quyền cung cấp tài liệu phục vụ nhiệm vụ thẩm định.
Hội đồng làm việc theo chế độ tập thể theo chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng; phiên họp của Hội đồng được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự (kể cả người được ủy quyền).
Kết luận thông qua các nội dung thẩm định phải được tối thiểu 50% số thành viên Hội đồng biểu quyết thông qua (bao gồm cả số thành viên có mặt tại phiên họp và số thành viên biểu quyết bằng văn bản). Trường hợp tỷ lệ biểu quyết là 50% số thành viên Hội đồng tham gia biểu quyết thì nội dung thẩm định sẽ được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng.
Kết luận cuối cùng thông qua báo cáo kết quả thẩm định phải được tối thiểu 2/3 số thành viên Hội đồng biểu quyết (bao gồm cả số thành viên có mặt tại phiên họp và số thành viên biểu quyết bằng văn bản).
Hội đồng được sử dụng con dấu và tài khoản (nếu cần) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng.