Bên cạnh hàng loạt chia rẽ xung quanh vấn đề người di cư, chủ nghĩa dân túy và kinh tế, những mối lo ngại về vị thế của EU trên thế giới cũng như đời sống của liên minh này hậu Brexit tiếp tục khiến giới chức EU đau đầu.
Thực tế, trong thập kỷ vừa qua, EU đã chứng kiến bước thụt lùi về kinh tế so với 10 năm trước đó. Sau cuộc khủng hoảng tài chính 2007-2008, đà tăng trưởng vẫn chậm chạp, tỷ lệ thất nghiệp ở EU vẫn cao. Cuộc khủng hoảng nợ trong Khu vực đồng tiền chung châu Âu (Eurozone) từng đẩy Hy Lạp tới nguy cơ phải rời khỏi Eurozone, và chính sách "thắt lưng buộc bụng" mà các nước EU thực thi đã để lại một "di sản cay đắng".
EU cũng đã thất bại trong việc ngăn chặn các cuộc xung đột ở Syria, Ukraine, trong khi hàng loạt vụ tấn công khủng bố đã làm đảo lộn môi trường an ninh khu vực.
Chưa hết, làn sóng 1,4 triệu người di cư và tị nạn trong suốt 2 năm qua đã hủy hoại vẻ bề ngoài đoàn kết của EU khi mà các nước thành viên không thống nhất được quan điểm tiếp nhận người tị nạn. Chủ tịch Ủy ban châu Âu Jean-Claude Juncker thậm chí phải thốt lên “chưa bao giờ tôi chứng kiến một sự chia rẽ và kém đoàn kết như thế này trong liên minh của chúng ta”. Trong khi đó, tân Chủ tịch Nghị viện châu Âu Antonio Tajani cho rằng “dự án châu Âu dường như chưa bao giờ trở nên xa vời với người dân như hiện nay”.
Sự chia rẽ trong EU trở nên sâu sắc hơn khi lãnh đạo các nước thành viên EU đã bắt đầu chấp nhận ý tưởng về một châu Âu “đa tốc độ”, theo đó cho phép một số nước tiếp tục đẩy mạnh hợp tác, trong khi các nước khác tụt lại phía sau. Một số ý kiến cho rằng điều này thể hiện cho "sự tan rã chậm" của EU.
Giới chức EU hy vọng sự thống nhất của khối trong các cuộc đàm phán Brexit. Tuy nhiên, chính trong nội bộ EU lại có sự chia rẽ về quan điểm. Một số nước muốn đẩy mạnh sự phòng thủ, song một số khác (các nước Đông Âu) lại muốn giảm bớt sự hội nhập. Tất cả những điều đó đang đặt tương lai EU vào thế bấp bênh, và câu hỏi lớn nhất hiện nay là sau 60 năm, làm thế nào để EU có thể tiếp tục tồn tại.