Hợp tác Việt - Nhật khởi đầu từ lĩnh vực kinh tế với hàng loạt dự án Viện trợ phát triển chính thức (ODA) nhằm giúp Việt Nam phát triển cơ sở hạ tầng. Từ khi mở lại ODA cho Việt Nam, Nhật Bản luôn đặt Việt Nam là một trong những nước ưu tiên. Kể cả khi Nhật Bản thông báo cắt giảm ngân sách dành cho ODA, nhưng riêng vốn dành cho Việt Nam vẫn tăng liên tục. Trong hơn 20 năm qua, quốc gia Đông Bắc Á này luôn là nhà cung cấp ODA lớn nhất cho Việt Nam.
Sự khởi đầu thuận lợi của ODA đã mở đường cho sự hợp tác kinh tế mạnh mẽ giữa hai nước. Đánh giá cao vị thế cũng như tiềm năng phát triển kinh tế của Việt Nam trong khu vực cũng như trên thế giới, Nhật Bản đã không ngừng xúc tiến đầu tư vào thị trường nước ta. Tính đến hết tháng 5/2015, các nhà đầu tư Nhật Bản có 2.6 dự án còn hiệu lực với tổng vốn đầu tư là 37,65 tỷ USD (chiếm 14,3% tổng số dự án và 14,6% tổng vốn đầu tư của Việt Nam), đứng thứ hai trong số các quốc gia, vùng lãnh thổ có đầu tư tại Việt Nam. Theo đánh giá của Cục Đầu tư nước ngoài, trong các năm qua, Nhật Bản luôn giữ tốc độ đầu tư cao, ổn định và luôn là một trong hai quốc gia dẫn đầu về thu hút đầu tư nước ngoài tại Việt Nam. Các dự án đầu tư của Nhật Bản tại Việt Nam được đánh giá hoạt động có hiệu quả, công nghệ tốt.
Đối với các doanh nghiệp Nhật Bản, Việt Nam là một điểm đến đầu tư hiệu quả và hấp dẫn. Trưởng đại diện Tổ chức xúc tiến thương mại Nhật Bản (JETRO) Hà Nội, ông Kawada Atsusuke, khẳng định đối với các doanh nghiệp Nhật Bản, với nền tảng chính trị và xã hội ổn định cùng với năng lực phát triển tiềm tàng, Việt Nam là một thị trường đáng tin cậy.
Một trong những điểm khác biệt so với các doanh nghiệp nước ngoài khác là các doanh nghiệp Nhật Bản đóng vai trò chủ đạo trong quá trình phát triển ngành công nghiệp hỗ trợ tại Việt Nam. Tháng 7/2013, Chính phủ Việt Nam đã phê duyệt “Chiến lược công nghiệp hóa của Việt Nam trong khuôn khổ hợp tác Việt Nam - Nhật Bản hướng đến năm 2020, tầm nhìn 2030” trong đó ưu tiên phát triển sáu ngành công nghiệp mũi nhọn bao gồm: điện tử; máy nông nghiệp; chế biến nông thủy sản; đóng tàu; môi trường và tiết kiệm năng lượng; sản xuất ô tô và phụ tùng ô tô, với mục tiêu đưa sáu ngành này thành những ngành công nghiệp chủ lực của nền kinh tế.
Về phía Nhật Bản, chính quyền Thủ tướng Shinzo Abe đang đặt Việt Nam là đối tác quan trọng và gần như duy nhất hiện nay trong quá trình cải cách nâng cao sức cạnh tranh nông nghiệp. Đây được coi là cơ hội lớn của Việt Nam vì đầu tư trong nông nghiệp sẽ mang theo công nghệ mới trong nuôi trồng, đánh bắt, bảo quản, gia công chế biến, đặc biệt là đảm bảo thị trường tiêu thụ, qua đó góp phần nâng cao giá trị và sức cạnh tranh của hàng nông sản của Việt Nam và chuyển dịch phương thức sản xuất theo hướng hiện đại.
Một phân khúc quan trọng trong hợp tác kinh tế Việt - Nhật là xuất khẩu lao động. Chỉ riêng trong giai đoạn từ 2010 đến 2014, Việt Nam đã đưa sang Nhật Bản gần 42.000 thực tập sinh. Trước đây, thực tập sinh Việt Nam được Nhật Bản tiếp nhận chủ yếu trong các ngành cơ khí, điện tử, dệt may. Trong khoảng ba năm gần đây, Nhật Bản tiếp nhận thực tập sinh Việt Nam trong hầu hết các ngành nghề bao gồm cả xây dựng, nông nghiệp, chế biến thực phẩm, những ngành đang có nhu cầu tăng mạnh.
Không chỉ dừng lại ở lĩnh vực kinh tế, sau khi Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh và Thủ tướng Taro Aso ký Tuyên bố chung về “Quan hệ đối tác chiến lược vì hòa bình và phồn vinh ở châu Á”, nhất trí đưa quan hệ lên tầm đối tác chiến lược, hai nước đã mở rộng hợp tác sang lĩnh vực chính trị, quốc phòng, an ninh. Tại các diễn đàn khu vực và quốc tế, Việt Nam và Nhật Bản đã hợp tác chặt chẽ để đưa ra quan điểm chung đối với các thách thức và vấn đề lớn. Hai nước nhất trí sẽ phối hợp chặt hẽ trong các liên kết kinh tế quốc tế như Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện khu vực (RCEP) và thúc đẩy để sớm chính thức kết thúc đàm phán Hiệp định đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP).
Trải qua bề dày hơn 40 năm xây dựng và phát triển, sự kết nối chặt chẽ giữa hai nước trên tất cả các lĩnh vực đã chứng tỏ mối quan hệ song phương nồng ấm và trên hết là sự tin cậy lẫn nhau ngày càng lớn giữa hai đối tác.