Kết quả điều tra mở rộng vụ án, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định Nguyễn Đức Chung, nguyên Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn làm trái quy định của Nhà nước để Công ty Sinh Thái Xanh, Công ty Cây xanh Hà Nội và Nguyễn Tuấn Nghĩa (là các công ty, cá nhân có mối quan hệ thân thiết với Nguyễn Đức Chung) được UBND thành phố Hà Nội chỉ định đặt hàng thực hiện công tác trồng cây trên địa bàn thành phố Hà Nội trong thời gian từ năm 2016 đến 2018, từ đó được hưởng lợi bất chính số tiền lớn, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản nhà nước. Hành vi trên của Nguyễn Đức Chung đã phạm tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự.
Ngày 21/3, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Đồng thời, ra quyết định khởi tố bị can, lệnh tạm giam đối với Nguyễn Đức Chung về tội danh trên. Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các quyết định, lệnh nêu trên đúng quy định của pháp luật.