Theo cáo trạng, khoảng 18 giờ ngày 5/10/2021, tại thị trấn Phúc Thọ (huyện Phúc Thọ), ông Nguyễn Đỗ Tỵ, các anh Kiều Duy Chinh, Nguyễn Đức Trường, Nguyễn Thành Tâm, Lưu Văn Kiên, Ngô Văn Chiến, Kiều Anh Tuấn, Nguyễn Anh Dũng, Nguyễn Văn Trường (tên gọi khác là Trường “đá”), chị Triệu Thị Điền và Lê Ngọc Ninh tổ chức ăn liên hoan.
Quá trình liên hoan, do nghi ngờ anh Kiên cho ông Tỵ uống nước lã nên Ninh chửi anh Kiên rồi cầm chén rượu của mình ném vào mặt anh này. Thấy vậy, Nguyễn Văn Trường đã dùng tay phải đấm vào má trái của Ninh thì được can ngăn và tất cả giải tán.
Ninh ra lái xe ô tô của mình về được một đoạn nhưng vẫn tức việc bị Nguyễn Văn Trường đánh nên quay xe ô tô lại gọi ông Tỵ ra nói chuyện, yêu cầu ông Tỵ phải gọi Trường đến xin lỗi. Khi bị ông Tỵ từ chối, Ninh gọi điện thoại cho con nuôi là Nguyễn Văn Sơn và nói: “Bố đang va chạm đánh nhau, con cho anh em xuống!”. Sơn đồng ý, cầm theo một thanh đao rồi đi taxi đến chỗ Ninh ăn liên hoan. Tới nơi, Sơn xuống xe đi bộ đến chỗ ông Tỵ và Ninh đang ngồi. Thấy Sơn đến, Ninh đánh mắt, chỉ tay về phía ông Tỵ. Sơn hiểu là Ninh ra tín hiệu bảo Sơn đánh ông Tỵ nên đã dùng chân liên tiếp đạp, đá nhiều lần vào đầu, mặt ông Tỵ cho đến khi ông bất tỉnh.
Lúc này, anh Chiến phát hiện ra sự việc và chạy đến yêu cầu Ninh, Sơn đưa ông Tỵ đi cấp cứu tại Bệnh viện đa khoa thị xã Sơn Tây. Do thương tích nặng nên đến ngày 7/10/2021, ông Tỵ đã tử vong tại nhà riêng.
Qua giám định đã kết luận: Ông Nguyễn Đỗ Tỵ tử vong do “chấn thương sọ não rất nặng (dập não, dập cầu não, dập tiểu não) gây chảy máu lan tỏa màng mềm, tụ máu đáy não, tụ máu trong não thất dẫn đến suy hô hấp, suy tuần hoàn cấp không hồi phục…”.
Ngau sau đó, Lê Ngọc Ninh và Nguyễn Văn Sơn bị Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an huyện Phúc Thọ bắt giữ về hành vi giết người. Tại Cơ quan điều tra, Sơn đã khai nhận hành vi phạm tội, còn Ninh không thừa nhận hành vi. Ninh khai việc điện thoại gọi Sơn đến hiện trường để đưa Ninh về là do lo sợ bị Nguyễn Văn Trường chặn đánh tiếp nên gọi Sơn đến để có thêm người đưa về cho an toàn.
Tuy nhiên, căn cứ lời khai nhận tội của Sơn và các tài liệu khác trong hồ sơ vụ án, cơ quan điều tra cho rằng có đủ cơ sở xác định Ninh là người chỉ đạo Sơn thực hiện hành vi giết ông Nguyễn Đỗ Tỵ.