Các bị can bị khởi tố để điều tra về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí", gồm: Tất Thành Cang - cựu Phó Bí thư Thường trực Thành ủy TP Hồ Chí Minh; Phạm Văn Thông - nguyên Phó chánh Văn phòng Thành ủy; Huỳnh Phước Long - nguyên Trưởng phòng Phòng Quản lý đầu tư kinh doanh vốn của Văn phòng Thành ủy; cùng Phan Thanh Tân - nguyên Phó chánh Văn phòng Thành ủy. Trong đó, 3 bị can Tất Thành Cang, Phạm Văn Thông và Huỳnh Phước Long đã bị khởi tố, tạm giam để điều tra trong vụ án tại IPC và SADECO.
Trước đó như TTXVN đã đưa tin, năm 2020, Cơ quan An ninh điều tra (Công an TP Hồ Chí Minh) đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với các bị can: Trần Công Thiện (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận), Nguyễn Văn Minh (nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty Tân Thuận), Trần Tấn Hải (Phó Tổng Giám đốc Công ty Tân Thuận), Nguyễn Thị Ngọc Bích (Kế toán trưởng Công ty Tân Thuận), Nguyễn Hoàng Việt và Nguyễn Xuân Tùng (cùng là kiểm soát viên của Công ty Tân Thuận) đề điều tra về "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí."
Theo Cơ quan điều tra, Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận là doanh nghiệp có 100% vốn thuộc Văn phòng Thành ủy TP Hồ Chí Minh, được thành lập năm 2004 và có trụ sở đặt tại Quận 7. Tính đến cuối năm 2016, Công ty Tân Thuận quản lý, đầu tư nhiều dự án như khu dân cư Tân Quy Đông, khu ven sông Tân Phong, khu Bình Hòa, khu Đường 10 Long An…
Tháng 8/2009, UBND TP Hồ Chí Minh chấp thuận cho Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận làm chủ đầu tư Dự án khu dân cư Phước Kiển tại huyện Nhà Bè.
Ngày 26/4/2017, ông Trần Công Thiện đã ký công văn gửi Văn phòng Thành ủy đề nghị được hợp tác cùng Công ty Cổ phần Quốc Cường Gia Lai đầu tư dự án khu dân cư Phước Kiển (huyện Nhà Bè) có mức đầu tư hơn 6.500 tỷ đồng. Sau khi ông Trần Công Thiện có tờ trình, Hội đồng thành viên Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận đã chấp thuận đề xuất hợp tác với Công ty Quốc Cường Gia Lai đầu tư dự án khu dân cư Phước Kiển.
Trong số đó, Công ty Tân Thuận sẽ góp 30% vốn, còn 70% do Công ty Quốc Cường Gia Lai góp vào. Đến ngày 5/6/2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng hơn 32ha đất tại dự án cho Công ty Quốc Cường Gia Lai. Đây là khu đất có vị trí đẹp cạnh sông Sài Gòn nhưng chỉ được Công ty Tân Thuận bán với giá 1,29 triệu đồng/m2, thu về ngân sách hơn 419 tỷ đồng. Giá này được cho là rẻ bất thường, nếu bán theo thị trường có thể thu cho ngân sách hơn 2.000 tỷ đồng.
Sau khi khu đất đã được bán, ngày 5/12/2017, Văn phòng Thành ủy đề nghị Sở Tài nguyên và Môi trường đánh giá lại giá trị khu đất. Kết quả xác định, khu đất phần lớn là đất nông nghiệp, chỉ có hơn 480m2 là đất ở. Trong trường hợp Nhà nước thu hồi đất thì đơn giá bình quân hơn 1,7 triệu đồng/m2, tổng giá trị toàn khu đất là hơn 574 tỷ đồng. Theo cách tính này, Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận gây thất thoát cho ngân sách hơn 150 tỷ đồng.
Ngày 27/12/2017, Thành ủy TP Hồ Chí Minh đã chỉ đạo dừng việc chuyển nhượng, yêu cầu đàm phán lại và báo cáo chi tiết. Đến ngày 18/4/2018, Ban Thường vụ Thành ủy yêu cầu Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận hủy hợp đồng chuyển nhượng khu đất cho Công ty Quốc Cường Gia Lai, không đồng ý bán chỉ định, bởi lẽ đây là tài sản thuộc kinh tế Đảng nhưng tập thể Thường trực và Ban Thường vụ Thành ủy lại không biết việc ký chuyển nhượng vào thời điểm giao dịch.
Tháng 5/2018, Ban Thường vụ Thành ủy đã ra quyết định tạm đình chỉ chức vụ Tổng Giám đốc Công ty Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận đối với ông Trần Công Thiện, đồng thời chỉ đạo thanh tra toàn diện hoạt động của công ty này.