Cùng ra Tòa với bị cáo Phùng Anh Lê (sinh năm 1967, cựu Đại tá Công an) còn có 3 cựu cán bộ Công an quận Tây Hồ gồm Nguyễn Đức Châu (sinh năm 1973, cựu Đội trưởng Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội), Vũ Công Ngọc (sinh năm 1980, cựu Phó Đội trưởng Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội) và Lê Đình Trung (sinh năm 1977, cựu Phó Đội trưởng Đội Cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù” theo quy định tại Điều 378, khoản 1 – Bộ luật Hình sự.
Trong vụ án này, bị cáo Phùng Anh Lê bị Viện Kiểm sát xác định khi còn đương chức biết rõ Nguyễn Hữu Tài (trú tại phường Phúc Xá, quận Ba Đình, Hà Nội – là đối tượng chuyên cho vay nặng lãi) đã cùng một số đối tượng thực hiện hành vi vi phạm pháp luật, đang bị tạm giữ để phục vụ quá trình xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi nghe ông Phùng Văn Bảy (chú họ của Phùng Anh Lê) đặt vấn đề, Lê đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, yêu cầu đưa 110 triệu đồng rồi chỉ đạo cấp dưới thả người.
Các bị cáo: Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung bị xác định là mặc dù biết chỉ đạo của Phùng Anh Lê là trái pháp luật nhưng vẫn chấp hành, thực hiện việc tha trái pháp luật đối với Nguyễn Hữu Tài.
Ngoài ra, cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao còn đề cập đến ông Phạm Quý Hải (thời điểm đó là Phó Trưởng Công an quận, Phó Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an quận Tây Hồ) là người ký Quyết định tạm giữ số 247 ngày 22/9/2016 đối với Nguyễn Hữu Tài nhưng không biết Phùng Anh Lê chỉ đạo Vũ Công Ngọc và Lê Đình Trung tha trái pháp luật đối với Tài. Tuy nhiên, sau khi Tài ra khỏi nhà tạm giữ, ông Hải biết rõ ông Lê chỉ đạo tha và không xử lý Tài là không đúng pháp luật nhưng không thông báo cho Viện Kiểm sát cùng cấp và cấp trên biết để giải quyết là chưa thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ.
Viện Kiểm sát cho rằng, ông Lê Sinh Hùng (Phó Trưởng Công an quận, Trưởng Nhà tạm giữ, Thủ trưởng Cơ quan Thi hành án hình sự) và ông Nguyễn Quang Huy (Đội trưởng Đội Thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp, Phó Thủ trưởng Cơ quan Thi hành án hình sự, Công an quận Tây Hồ), đêm 22/9/2016 không phải là ca trực của hai ông này nhưng đã được Lê Đình Trung và Nguyễn Đức Châu gọi điện thông báo việc Phùng Anh Lê chỉ đạo bàn giao Nguyễn Hữu Tài cho ra khỏi nhà tạm giữ nhưng ông Hùng và ông Huy không có ý kiến chỉ đạo cụ thể mà đồng ý để Trung thực hiện theo chỉ đạo của Lê. Sau đó, hai ông Hùng, Huy cũng không kiểm tra lại việc cán bộ Nhà tạm giữ thực hiện vụ việc trên để báo cáo cấp có thẩm quyền giải quyết.
Viện Kiểm sát nhấn mạnh: Vi phạm của ông Phạm Quý Hải, Lê Sinh Hùng, Nguyễn Quang Huy là thiếu trách nhiệm trong việc thực hiện chức trách, nhiệm vụ được giao nhưng chưa đủ dấu hiệu để xử lý hình sự nên kiến nghị Công an thành phố Hà Nội xử lý kỷ luật nghiêm về Đảng và chính quyền.
Đối với ông Phan Tất Hùng (Điều tra viên Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội) là người được phân công trực tiếp xác minh vụ việc, biết rõ Tài được tha và không bị xử lý là trái pháp luật nhưng vẫn cho viết bản cam đoan, cam kết và chứng kiến việc hòa giải của Tài với bị hại. Còn ông Nguyễn Văn Thuận (cán bộ quản giáo trực Nhà tạm giữ đêm 22/9/2016), là người đưa Tài ra khỏi buồng giam và lập biên bản bàn giao cho Vũ Công Ngọc để cho ra khỏi Nhà tạm giữ khi không có thủ tục hủy bỏ quyết định tạm giữ là thực hiện chưa đúng quy định pháp luật. Tuy nhiên, cả hai đều làm theo chỉ đạo cấp nhân nên không bị xử lý hình sự mà kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về Đảng và chính quyền.
Về trách nhiệm của các cá nhân quản lý hồ sơ xác minh vụ việc, cáo trạng nêu rõ, ngày 1/1/2021, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Công an thành phố Hà Nội, ông Mai Trọng Thắng (Trưởng Công an quận Tây Hồ) yêu cầu các ông Phạm Quý Hải, Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Phan Tất Hùng, Dương Hồng Kết, đến phòng làm việc của ông Thắng để rà soát thông tin vụ việc. Tại buổi làm việc này, Phan Tất Hùng đã tìm thấy hồ sơ vụ việc trong tủ cá nhân, hồ sơ có các các tài liệu như: 5 quyết định tạm giữ đối với Tài; lời khai của Thành, Tài và của nhân chứng; đơn trình báo của Thành, đơn đầu thú của Tài; báo cáo bắt giữ... Ông Phan Tất Hùng đã mang hồ sơ đến phòng làm việc của ông Thắng để mọi người cùng xem. Sau đó, ông Hùng để hồ sơ lại trên bàn họp trong phòng của ông Mai Trọng Thắng.
Các ông Mai Trọng Thắng, Phạm Quý Hải, Dương Hồng Kết và Nguyễn Đức Châu khai không biết và không đọc hồ sơ vụ việc này tại phòng ông Thắng. Đến nay, Công an quận Tây Hồ vẫn chưa cung cấp được hồ sơ. Do đó, Viện Kiểm sát cho rằng, chưa đủ căn cứ để xem xét, xử lý trách nhiệm của các cá nhân liên quan theo quy định. Vụ việc này sẽ được xem xét xử lý khi có hồ sơ trên.