Trong vụ án này, bị cáo Đinh La Thăng, bị cáo Nguyễn Hồng Trường (nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải giai đoạn tháng 4/2007 - 8/2017) và 5 bị cáo nguyên là lãnh đạo Bộ Giao thông Vận tải bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo Điều 219 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Dự án đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn ngân sách Nhà nước. Do vậy, việc bán quyền thu phí là bán tài sản của Nhà nước và số tiền thu được từ việc bán quyền thu phí là tài sản của Nhà nước. Bộ Giao thông Vận tải được Thủ tướng Chính phủ giao là đơn vị chủ trì xây dựng Đề án bán quyền thu phí, thực hiện việc chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách Nhà nước kinh phí đã đầu tư cho dự án.
Khi triển khai thực hiện, bị cáo Đinh La Thăng là Bộ trưởng có trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ do Thủ tướng Chính phủ giao, có vai trò quyết định đến việc bán quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương. Xuất phát từ động cơ cá nhân, thông qua mối quan hệ quen biết từ trước, bị cáo Đinh La Thăng đã gọi điện thoại trực tiếp cho bị cáo Dương Tuấn Minh (Tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) để giới thiệu đưa bị cáo Đinh Ngọc Hệ (Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Thái Sơn) tiếp cận đề án, sau đó tạo điều kiện cho công ty của Hệ trúng đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương. Từ đó, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng mối quan hệ này để xây dựng hồ sơ gian dối tham gia mua đấu giá quyền thu phí. Sau khi trúng đấu giá quyền thu phí, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đã tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản của Nhà nước, gây hậu quả thất thoát của Nhà nước hơn 725 tỷ đồng.
Bị cáo Đinh La Thăng đã ký văn bản số 7331/ BGTVT-TC gửi Thủ tướng Chính phủ đề nghị tiếp nhận lại Đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương và tiếp tục tìm kiếm đối tác để bán quyền thu phí để thu hồi nguồn vốn ngân sách Nhà nước đã đầu tư cho Dự án. Để triển khai tổ chức bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương, ngày 3/10/2013, bị cáo Đinh La Thăng ký Quyết định số 3050/QĐ-BGTVT về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng bán đấu giá. Bị cáo Đinh La Thăng biết toàn bộ hoạt động triển khai xây dựng Đề án, kết quả bán đấu giá quyền thu phí thực hiện không đúng quy định của pháp luật thông qua các tài liệu do bị cáo Nguyễn Hồng Trường (Thứ trưởng được giao trực tiếp phụ trách, chỉ đạo) gửi bị cáo Đinh La Thăng để báo cáo.
Trả lời Hội đồng xét xử, bị cáo Đinh La Thăng cho rằng cáo trạng suy diễn, quy chụp để quy trách nhiệm bị cáo. "Cáo trạng chỉ đúng một phần, sai 5 phần" – bị cáo Đinh La Thăng trả lời khi được chủ tọa hỏi về nội dung cáo trạng đã truy tố bị cáo.
Theo bị cáo Đinh La Thăng, cáo trạng đúng một phần là: Với trách nhiệm là Bộ trưởng, người đứng đầu cơ quan được giao quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước tại Bộ Giao thông Vận tải, phải chịu trách về toàn bộ các hoạt động của ngành. Nhưng bị cáo Đinh La Thăng cho rằng, bản thân chỉ chịu trách nhiệm về mặt chính trị, hành chính, không chịu trách nhiệm về mặt hình sự.
Ngoài điều trên, bị cáo Đinh La Thăng phủ nhận cáo trạng truy tố mình. Theo đó, bị cáo không đồng tình với việc cáo trạng cho rằng bị cáo có vai trò "chỉ đạo xuyên suốt" vì chỉ ký 2 văn bản và chỉ đạo 1 văn bản. Vào tháng 8/2011 là văn bản trình Thủ tướng về việc đồng ý tiếp nhận lại dự án sau khi Công ty cổ phần BIDV trả lại, không tiếp tục đầu tư; tháng 10/2013 là Quyết định thành lập Hội đồng bán đấu giá và một văn bản chỉ đạo tháng 6/2015.
Theo bị cáo Đinh La Thăng, Bộ Giao thông Vận tải có nhiều dự án; giai đoạn ông Thăng làm Bộ trưởng có 6 Thứ trưởng và được phân công nhiệm vụ cụ thể, phụ trách theo từng lĩnh vực và các dự án cụ thể. Vì vậy, ông Thăng đổ lỗi "Thứ trưởng chuyên trách mới là người chỉ đạo xuyên suốt - không phải bị cáo".
Thứ hai, bị cáo Đinh La Thăng cho rằng bị cáo (lúc ấy là Bộ trưởng) không phân công trực tiếp bất kỳ một Thứ trưởng nào mà căn cứ lĩnh vực, nhiệm vụ được phân công thì các Thứ trưởng thực hiện. "Tôi không gọi anh Trường (bị cáo Nguyễn Hồng Trường) lên bảo là anh tiếp nhận lại dự án này. Cáo trạng nói tôi giao cho dự án cho Tổng công ty Cửu Long là không đúng. Tôi không giao, mà Thứ trưởng giao" – bị cáo Đinh La Thăng nói. Bị cáo Đinh La Thăng phủ nhận việc tác động để Công ty Yên Khánh trúng thầu.
Về số tiền thiệt hại của vụ án mà cáo trạng xác định là 725 tỷ đồng, bị cáo Đinh La Thăng cho rằng đây là thiệt hại của một vụ án khác và giải thích rằng đây là hành vi gian dối để trốn doanh thu nên không nhận trách nhiệm này. Đinh La Thăng cho rằng đây là dự án đấu giá nên không lấy quy định về đấu thầu vào dự án này.
Trả lời Hội đồng xét xử, nguyên Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường thừa nhận các cáo buộc của cáo trạng. Bị cáo Nguyễn Hồng Trường khai được giao phụ trách xây dựng đề án thu phí cao tốc vào tháng 8/2012.
Về việc không thành lập Hội đồng định giá để đấu giá quyền thu phí, bị cáo Trường lý giải, khi Bộ Tài chính trình văn bản đề xuất đơn vị đấu thầu có đủ điều kiện, nếu không có dòng "đề nghị xem xét" thì Thứ trưởng sẽ ký duyệt. Đó là cách thức hoạt động của Bộ Giao thông Vận tải thời điểm đó. Theo bị cáo, 5/7 thành viên trong Hội đồng định giá đã có mặt tại phiên đấu giá nên nếu tổ chức họp cũng sẽ cho kết quả như vậy nên ông đã tự ký phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí.
Bị cáo Nguyễn Hồng Trường trình bày: "Bị cáo thấy xót xa. Bản thân bị cáo được giao nhiệm vụ nhưng thiếu đi sự rà soát để xảy ra hậu quả. Bị cáo thấy rõ trách nhiệm, thiếu sót của mình".
Phiên tòa tiếp tục với phần xét hỏi.