Đại diện Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La đã đọc bản luận tội 12 bị cáo. Theo đó, bị cáo Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) giữ vai trò chính trong vụ án, các bị cáo còn lại đồng phạm với vai trò giúp sức tích cực. Hành vi của các bị cáo được đánh giá là rất nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng; đã trực tiếp xâm hại đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, làm mất niềm tin của nhân dân trong công tác thi cử, xúc phạm thầy cô giáo; đồng thời, làm mất cơ hội của những học sinh có năng lực trong học tập, gây bức xúc trong dư luận.
Bị cáo Trần Xuân Yến với vai trò Phó Trưởng ban Chỉ đạo thi Trung học Phổ thông quốc gia của tỉnh, Tổ trưởng Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm đã nhận thông tin của 13 thí sinh để giúp nâng điểm. Sau khi nhận thông tin các thí sinh, Trần Xuân Yến tổng hợp chung thành danh sách ghi rõ họ tên, số báo danh, địa điểm thi, các môn thi cần nâng điểm, mã đề thi và tổng số điểm cần đạt; rồi đưa cho Nguyễn Hồng Nga, thành viên Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm để nâng điểm.
Hành vi “Nhận hối lộ” và “Đưa hối lộ” của 7 bị cáo liên quan cũng được Viện kiểm sát chỉ ra. Theo đó, Nguyễn Thị Hồng Nga là thành viên Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm, đã nhận của Trần Văn Điện số tiền 1,04 tỷ đồng để nâng điểm cho 4 thí sinh. Bị cáo Lò Văn Huynh là Phó Trưởng ban chấm thi đã nhận 1,3 tỷ đồng của Nguyễn Minh Khoa và Lò Thị Trường để nâng điểm cho 3 thí sinh. Bị cáo Cầm Thị Bun Sọn là thành viên Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm đã nhận 440 triệu đồng của Hoàng Thị Thành để nâng điểm cho một thí sinh.
Căn cứ hành vi phạm tội của các bị cáo, đại diện Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La đề nghị mức án với các bị cáo thấp nhất từ 2-3 năm tù, cao nhất từ 23 - 25 năm tù. Tình tiết giảm nhẹ cũng được áp dụng do các bị cáo đã khai báo thành khẩn, có thành tích trong công tác, trừ 2 bị cáo Trần Văn Điện và Nguyễn Minh Khoa.
Cụ thể, bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên chuyên viên Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 16-17 năm tù về tội “Nhận hối lộ” và 7-8 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ". Tổng hợp hình phạt đối với bị cáo Nga từ 23-25 năm tù.
Bị cáo Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 17-18 năm tù về tội “Nhận hối lộ” và 6-7 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ". Tổng hợp hình phạt đối với bị cáo Huynh từ 23-25 năm tù.
Bị cáo Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng phòng Chính trị tư tưởng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 4-5 năm tù về tội “Nhận hối lộ” và 5-6 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ". Tổng hợp hình phạt đối với bị cáo Sọn từ 9-11 năm tù.
Bị cáo Trần Văn Điện (nguyên cán bộ Trường Tiểu học và Trung học Cơ sở Chiềng Cơi, thành phố Sơn La) bị đề nghị mức án 12-13 năm tù về tội “Đưa hối lộ”.
Bị cáo Nguyễn Minh Khoa (nguyên Phó Trưởng phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 12-13 năm tù về tội “Đưa hối lộ”.
Bị cáo Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 7-8 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ".
Bị cáo Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học Phổ thông Tô Hiệu) bị đề nghị mức án 6-7 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ".
Bị cáo Đỗ Khắc Hưng (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 5-6 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ".
Bị cáo Hoàng Thị Thành (nguyên Chủ tịch Hội Nông dân huyện Quỳnh Nhai, tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 2-3 năm tù về tội “Đưa hối lộ”.
Bị cáo Lò Thị Trường (lao động tự do, thành phố Sơn La) bị đề nghị mức án 2-3 năm tù về tội “Đưa hối lộ”.
Bị cáo Nguyễn Thanh Nhàn (nguyên Phó Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 2-3 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ".
Bị cáo Đinh Hải Sơn (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) bị đề nghị mức án 2-3 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ".
Ngoài ra, đại diện Viện kiểm sát còn đề nghị tuyên phạt bổ sung mỗi bị cáo từ 30 đến 50 triệu đồng về tội” Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; 40 đến 60 triệu đồng về tội "Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”.